Quỹ này là một định chế tài chính nhà nước, không trực tiếp thực hiện công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng hoặc tạo quỹ đất để đấu giá; hoạt động theo mô hình ủy thác cho công ty đầu tư tài chính nhà nước TP.HCM, theo nguyên tắc bảo toàn vốn, bù đắp chi phí phát sinh trong quá trình hoạt động và không vì mục đích lợi nhuận.

Quỹ có chức năng nhận vốn từ nguồn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, tiền thu từ đấu giá quyền sử dụng đất, các khoản ngân sách thành phố đã tạm ứng cho công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng, tái định cư và huy động các nguồn khác theo quy định để ứng vốn phát triển quỹ đất phục vụ các mục tiêu kinh tế-xã hội của thành phố. Quỹ phát triển đất TP.HCM có nguồn vốn 3.000 tỷ đồng.