Theo một số nhân chứng, khi tàu sắp qua điểm giao cắt (không có rào chắn) hệ thống cảnh báo tự động đã phát tín hiệu, hú còi và các phương tiện dừng chờ tàu đi qua. Tuy nhiên, xe Camry bốn chỗ 30F-3368 chở năm người (có hai trẻ em) vẫn đi qua đường tàu nên bị đầu máy tàu đâm vào sườn trái xe. Cú va chạm khiến ôtô rơi một bánh xe rồi cả chiếc xe văng vào quán cháo lòng đang có đông người ăn sáng.

Vụ tai nạn làm hai người chết tại chỗ là chị Nguyễn Giang Lam (36 tuổi) - vợ người lái xe - và anh Nguyễn Đăng Hải - thực khách trong quán. Chín người bị thương gồm lái xe Bùi Hiền Như (38 tuổi), con trai, cháu trai của anh Như và những người khách trong quán.

Ngay sau khi xảy ra tai nạn, các nạn nhân đã được cấp cứu tại Bệnh viện Đa khoa Đức Giang. Đến chiều qua có bốn trường hợp nguy kịch được chuyển lên Bệnh viện Việt Đức chữa trị.

Theo một cán bộ Công an quận Long Biên, điểm giao cắt giữa đường bộ và đường sắt nói trên nằm khuất ở khu vực đông dân cư, nhưng ngành đường sắt mới chỉ có cảnh báo tự động, chưa có rào chắn và người gác.