Có tám bị cáo được đưa ra xét xử sơ thẩm, gồm: Nguyễn Văn Túy (46 tuổi, lái tàu SE2), Nguyễn Xuân Phú (50 tuổi, phụ lái tàu SE2) bị truy tố về tội vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường sắt.
Bị cáo Trần Văn Thời (30 tuổi), Bùi Văn Thuấn (43 tuổi), Nguyễn Văn Lương (57 tuổi),Trần Viết Hải (23 tuổi), cùng là nhân viên của Đội quản lý đường sắt Biên Hòa (thuộc Công ty TNHH một thành viên Quản lý đường sắt Sài Gòn) và Tô Quang Toán (43 tuổi, nhân viên Tổ thông tin tín hiệu Ga Biên Hòa) bị truy tố về tội thiếu trách nhiệm, gây hậu quả nghiêm trọng. Trần Minh Châu (54 tuổi, lái xe ô tô) bị truy tố về tội cản trở giao thông đường sắt.
Theo cáo trạng, từ 14 giờ đến 22 giờ ngày 6-2-2011, Thuấn, Thời có nhiệm vụ trực tại chắn số 4. Tuy nhiên, đến khoảng 19 giờ 10, Thời tự ý bỏ gác đầu cầu để mặc các phương tiện tự do đi vào cầu Ghềnh. Đến 19 giờ 18, điện thoại tàu SE2 xin đường. Biết tàu sắp đến, nhưng Thời vẫn ngồi ăn cháo trong trạm mà không ra đầu cầu hạ barie xuống.
Các bị cáo (đứng hàng đầu) tại tòa
Lúc này Lương quan sát đầu chắn số 4 không có xe ô tô đi vào nên giơ đèn xách tay để báo bên kia không cho xe vào cầu. Không nhận được tín hiệu từ phía bên kia, nhưng Lương vẫn cho 5 xe ô tô đi vào lòng cầu. Vào được khoảng 50 mét, thì đoàn xe này bị kẹt lại do đối đầu xe chiều ngược lại. Cùng lúc này tàu SE2 báo xin đường lần 2.
Thấy nhiều xe dừng lại trên cầu, Thuấn cầm đèn tín hiệu ra đầu cầu, Thời ấn nút chuông và đèn tín hiệu, đồng thời hạ chắn barie và kéo chắn phụ rồi chạy vào trong cầu hô to: “tàu sắp đến de xe lại”. Tuy nhiên, Châu điều khiển chiếc xe đi gần cuối đoàn không đồng ý de. Sau khi cãi nhau, Châu đồng ý de xe thì tàu SE2 cũng vừa đến gây ra vụ tai nạn.
Đối với Túy và Phú, mặc dù không nhận được tín hiệu đèn báo cầu an toàn nhưng vẫn cho tàu vào cầu dẫn đến vụ tai nạn. Riêng Toán là nhân viên bảo trì đèn tín hiệu nhưng thiếu tinh thần trách nhiệm trong việc để đèn tín hiệu hư không sửa chữa. Sau khi tai nạn xảy ra, nhân viên đường sắt đã bắt quả tang Toán đang thay bóng đèn trên cột đèn phía Nam cầu Ghềnh.
Tại phiên tòa, bị cáo Thời thừa nhận lỗi của mình đã bỏ gác đầu cầu để đi ăn cháo nên không ra hạ barie xuống. Việc này dẫn đến Thuấn không biết có tàu vào để chuyển đèn báo trước sang chế độ màu xanh (thông báo với tàu SE2 được di chuyển vào cầu).
Tuy nhiên bị cáo Túy và Phú khẳng định, khi tàu vừa qua khu vực đường ngang chợ Đồn thì đã thấy báo tín hiệu đèn màu xanh, tức cho phép đi. Về phía Châu (lái xe ô tô) không thừa nhận hành vi trong bản cáo trạng. Châu cho rằng, mình có lui xe lại khi có yêu cầu của Thuấn nhưng do không kịp nên đã xảy ra tai nạn.
Các nhân chứng thuộc Công ty quản lý đường sắt Sài Gòn và Công ty thông tin tín hiệu đường sắt Sài Gòn khai sau khi tai nạn xảy ra, họ đến kiểm tra hiện trường thì phát hiện đèn phòng vệ và đèn báo trước của cầu Ghềnh không hoạt động.
Vì có những mâu thuẫn trong lời khai, đại diện Viện KSND cho rằng cần dựng lại hiện trường và cho các nhân chứng đối chứng. Đồng quan điểm, tòa quyết định hoãn trả hồ sơ điều tra bổ sung do còn nhiều tình tiết chưa được làm rõ.
