Theo ông Trần Duy Đông, Vụ trưởng Quản lý các khu kinh tế, Bộ KH&ĐT - cơ quan chủ trì soạn thảo dự luật này, mặc dù dự thảo mới đã bổ sung thêm cơ cấu HĐND nhưng vẫn giữ quan điểm tổ chức bộ máy tinh, gọn, hiệu lực, hiệu quả. Cụ thể, sẽ không có thường trực HĐND đặc khu, không tổ chức HĐND cấp xã, phường trong đặc khu và giao thẩm quyền mạnh cho chủ tịch UBND đặc khu.
Thẩm quyền mạnh ấy gắn với vai trò chính trị trung tâm theo cách bí thư khu ủy đồng thời là chủ tịch UBND và là nhân sự được chọn lựa theo cách do bộ trưởng Bộ Nội vụ giới thiệu và được Thủ tướng phê chuẩn sau khi được HĐND đặc khu bầu.
Ở đặc khu, HĐND chỉ quyết định một số vấn đề nhân sự chủ chốt, thông qua quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế-xã hội, ngân sách và giám sát một số vấn đề liên quan trực tiếp tới cộng đồng dân cư đặc khu. Trong khi đó, chủ tịch UBND đặc khu thực hiện hầu hết các thẩm quyền về quản lý, điều hành phát triển kinh tế-xã hội tại đặc khu, đồng thời được phân quyền mạnh, đặc biệt là lĩnh vực kinh tế với nhiều thẩm quyền của các cơ quan nhà nước cấp trên nhằm tạo sự chủ động, linh hoạt, đồng thời phát huy quyền tự chủ, trách nhiệm cá nhân của chủ tịch UBND đặc khu.
Cùng với mô hình chính quyền mạnh, tập trung, khung pháp lý cho đặc khu lần này cũng đưa ra chính sách tiền lương linh hoạt cho cán bộ, công chức gắn với mức độ phát triển kinh tế. Đáng chú ý, các thiết chế nhà nước khác cũng đồng bộ với nhánh HĐND, UBND. Theo đó, mặc dù đặc khu là đơn vị hành chính lãnh thổ tương đương cấp huyện nhưng tòa án đặc khu được bổ sung thẩm quyền giải quyết phần lớn vụ án, vụ việc đặc thù về dân sự, hành chính mà hiện đang thuộc thẩm quyền sơ thẩm của TAND cấp tỉnh.
Phát biểu tại hội nghị ở vai trò phó trưởng Ban chỉ đạo Quốc gia về xây dựng đơn vị hành chính-kinh tế đặc biệt, ông Phạm Minh Chính cho rằng trong chủ trương có tính đột phá này, việc gì rõ thì cần thực hiện ngay. Việc gì mới chưa được quy định hoặc quy định không còn phù hợp thì nên mạnh dạn thí điểm cái mới, vừa làm vừa rút kinh nghiệm, từng bước hoàn thiện, mở rộng dần.
