Theo đó, Bộ TN&MT sẽ thanh tra đối với các đơn vị trực thuộc Bộ TN&MT và các cơ quan, cá nhân liên quan đến việc phân bổ, quản lý, sử dụng nguồn vốn các dự án đầu tư từ ngân sách, trái phiếu Chính phủ do Bộ TN&MT trực tiếp quản lý. Việc thanh tra trên được thực hiện với 15 dự án và phải hoàn thành trước ngày 30-10-2014.
Mục đích thanh tra là để phát hiện những sơ hở, yếu kém, vi phạm của các cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân trong việc thực hiện các dự án đầu tư từ nguồn vốn ngân sách nhà nước, trái phiếu Chính phủ. Cùng với đó, chấn chỉnh và tăng cường trách nhiệm của cơ quan lập, thẩm định, phê duyệt các dự án đầu tư thuộc thẩm quyền.
Qua việc thanh tra, xác định rõ trách nhiệm của từng cơ quan gắn với trách nhiệm cá nhân trong việc để phát sinh nợ đọng xây dựng cơ bản trong thời gian qua. Cùng với đó, để xuất Chính phủ có chế tài xử lý nghiêm các vi phạm về quản lý, sử dụng vốn đầu tư phát triển từ nguồn vốn ngân sách và trái phiếu Chính phủ.
Danh mục các dự án do Bộ TN&MT trực tiếp quản lý phải thanh tra:
| STT | Dự án | Chủ đầu tư | Địa điểm | Mức đầu tư |
| 1 | Xây dựng trạm vùng tác động Tây Nam Bộ | Tổng cục Môi trường | Cần Thơ | Trên 68 tỷ đồng |
| 2 | Phục hồi và sử dụng bền vững đất than bùn ở khu vực Đông Nam Á | Tổng cục Môi trường | Hà Nội | Trên 10 tỷ đồng |
| 3 | Xây dựng nhà lưu mẫu, nhà xưởng Liên đoàn Địa chất Trung Trung Bộ | Liên đoàn Địa chất Trung Trung Bộ | Bình Định | Trên 22 tỷ đồng |
| 4 | Sửa chữa, cải tạo, nâng cấp một số hạng mục công trình Liên đoàn Địa chất Bắc Trung Bộ | Liên đoàn Địa chất Bắc Trung Bộ | Nghệ An, Thanh Hóa, Quảng Bình | Trên 27 tỷ đồng |
| 5 | Đầu tư, xây dựng Bến đỗ cho đội tàu nghiên cứu biển Việt Nam, trước hết là tàu nghiên cứu biển | Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam | Hải Phòng | Trên 163 tỷ đồng |
| 6 | Cải tạo nâng cấp công trình trạm thám không, Pilot, Ozon và Văn phòng Đài khí tượng Cao không | Đài Khí tượng Cao không | Hà Nội | Trên 6 tỷ đồng |
| 7 | Đầu tư cơ sở vật chất kỹ thuật TTKTTV tỉnh Nam Định và TTKTTV tỉnh Thái Bình | Đài KTTV khu vực Đồng Bằng Bắc Bộ | Nam Định, Thái Bình | Trên 11 tỷ đồng |
| 8 | Đầu tư đồng bộ kiên cố các trạm TTTV Khu vực Trung Trun Bộ giai đoạn 2007-2010 | Đài KTTV khu vực Trung Trung Bộ | Quảng Bình, Quảng Nam, Quảng Ngãi | Trên 24 tỷ đồng |
| 9 | Xây dựng cơ sở dữ liệu quốc gia về TN&MT | Cục Công nghệ thông tin | Hà Nội | Trên 370 tỷ đồng |
| 10 | Xây dựng hệ thống mạng thông tin ngành TN&MT | Cục Công nghệ và thông tin | Hà Nội | Trên 190 tỷ đồng |
| 11 | Cơ sở làm việc của các đơn vị thuộc Cục Đo đạc và Bản đồ | Cục Đo đạc và Bản đồ | Hà Nội | Trên 85 tỷ đồng |
| 12 | Xây dựng đồng bộ và nâng cấp các trạm KTTV thuộc đài KTTV khu vực Đông Bắc | Đài KTTV khu vực Đông Bắc | Quảng Ninh, Lạng Sơn, Bắc Giang | Trên 60 tỷ đồng |
| 13 | Đầu tư đồng bộ Trạm khí tượng Sơn Đông, Trạm khí thủy văn Bến Triều thuộc Đài KTTV khu vực Đông Bắc | Đài KTTV khu vực Đông Bắc | Bắc Giang, Quảng Ninh | Trên 6 tỷ đồng |
| 14 | Mở rộng và tăng cường năng lực Trung tâm Điều dưỡng – phục hồi chức năng | Trung tâm Điều dưỡng – phục hồi chức năng | Thanh Hóa | Trên 27 tỷ đồng |
| 15 | Kế hoạch quản lý loại trừ các chất HCFC của Việt Nam | Cục KTTV | Hà Nội | Trên 900 triệu đồng |
