Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Tài chính chỉ đạo và phối hợp với các bộ, ngành liên quan thực hiện nhiều biện pháp để khắc phục, nâng cao hiệu quả hoạt động của SCIC.
Theo kết luận thanh tra, trong công tác quản lý tài chính tại một số công ty do người đại diện vốn SCIC tham gia quản lý điều hành có nhiều sai phạm về quản lý tài chính và hạch toán kế toán như tính trích lập dự phòng sai, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, chi phí quản lý doanh nghiệp không hợp lệ… với số tiền hơn 183 tỉ đồng.
Việc đầu tư kinh doanh vốn của SCIC cơ bản có lợi nhuận nhưng việc đầu tư thêm vốn theo quyền mua của cổ đông hiện hữu còn chưa được thẩm định kỹ, chưa hoàn thành thủ tục đầu tư. Trong đó, khoản đầu tư tăng vốn điều lệ tại Công ty Cổ phần Giao thông Hà Nội không có trong kế hoạch, không thực hiện các bước thẩm định, đánh giá để ra quyết định đầu tư, không vì hiệu quả mà là đối trừ công nợ cổ tức phải trả của công ty này với SCIC. Ngoài ra, khoản đầu tư tăng vốn điều lệ tại Vinaconex với giá trị đầu tư thêm của SCIC 1.602 tỉ đồng thực chất chỉ để giúp Vinaconex tái cơ cấu về tài chính trả nợ, do thua lỗ gần 2.000 tỉ đồng…
Kết luận còn xác định SCIC trích lập dự phòng đầu tư tài chính đối với 29 doanh nghiệp không đúng quy định gần 257 tỉ đồng… Ngoài ra, SCIC tính trích lập dự phòng đầu tư tài chính tại Tập đoàn Bảo Việt để giảm vốn đầu tư quỹ HTSX&PTDN không có cơ sở với số tiền 645,7 tỉ đồng.
Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện SCIC còn có vi phạm trong việc lập hồ sơ hoàn công, quyết toán, hạng mục phát sinh thiếu thủ tục; nghiệm thu, thanh toán sai khối lượng hơn 250 triệu đồng; sai phạm khác gần 130 triệu đồng.
