Theo KTNN, trong thời gian qua các biện pháp đấu tranh phòng, chống vi phạm pháp luật và tội phạm thông qua hoạt động kiểm toán còn hạn chế. Số vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật được phát hiện qua kiểm toán chuyển sang cơ quan điều tra còn thấp, kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán về xử lý tài chính còn chưa cao...
Những hạn chế này xuất phát từ quy định của pháp luật về chức năng, nhiệm vụ phòng, chống tham nhũng của KTNN. Theo đó, KTNN chỉ thực hiện kiểm toán hằng năm hoặc định kỳ đối với các cơ quan, tổ chức là đầu mối được kiểm toán theo chương trình, kế hoạch. KTNN không thực hiện kiểm tra, kiểm soát hoặc điều tra mang tính nghiệp vụ hoặc trực tiếp kiểm tra các dấu hiệu vi phạm như cơ quan thanh tra, điều tra khác (các cơ quan này phát hiện tham nhũng thông qua đơn thư khiếu nại, tố cáo; khi tiến hành các hoạt động nghiệp vụ, các cơ quan này có chức năng đi sâu phát hiện hành vi vi phạm, tổ chức, cá nhân vi phạm, tính chất mức độ vi phạm, kiến nghị xử lý vi phạm...). Vì vậy thông qua hoạt động kiểm toán để phát hiện các dấu hiệu tham nhũng là rất khó khăn.
Ngoài ra, quy định của pháp luật liên quan tới việc phát hiện, phối hợp xử lý tham nhũng còn khó khăn, vướng mắc. So với các cơ quan có chức năng về phòng, chống tham nhũng khác, hoạt động kiểm toán của KTNN có nhiều điểm khác biệt (chủ yếu căn cứ trên mẫu hồ sơ do đơn vị cung cấp để kiểm tra, phân tích, đánh giá...). Phương pháp kiểm toán của KTNN chủ yếu là phương pháp cân đối, đối chiếu, phân tích, phỏng vấn...; việc kiểm toán được thực hiện chủ yếu trên cơ sở chứng từ kế toán, tài liệu, sổ kế toán, báo cáo do đơn vị được kiểm toán cung cấp. Trong khi đó, chứng từ, hồ sơ, tài liệu có liên quan đến hành vi tham nhũng thường được che giấu, hợp thức hóa.
