Quy chế này cũng nghiêm cấm xây dựng khách sạn, nhà kiên cố cao tầng, tô, vẽ, xây đắp tượng đài, miếu mạo, nơi thờ cúng và chôn cất trên các đảo Hòn Mun, Hòn Nọc, Hòn Vung và Hòn Cau.
Đồng thời, nghiêm cấm việc săn bắt, khai thác các loài động vật, thực vật trên các đảo, núi, hang động; chặt cây, khai thác đá, cát và các loại khoáng sản, vật liệu xây dựng khác, lấn chiếm đất đai trái phép và các hành vi khác gây ảnh hưởng đến danh lam thắng cảnh...
Về phát triển du lịch vịnh Nha Trang, quy chế nghiêm cấm việc xả rác, thải các chất thải từ tàu biển xuống vịnh Nha Trang; các hành vi xâm hại các hệ sinh thái như bãi san hô, rừng ngập mặn, bãi triều, cỏ biển, hệ sinh thái đáy, hệ sinh thái rừng trên các đảo, xâm hại bãi rùa đẻ, khai thác rùa biển, trứng rùa biển và các loài thủy sản quý hiếm nằm trong Sách Đỏ Việt Nam trên vịnh Nha Trang; khai thác thủy sản bằng cách sử dụng chất nổ, xung điện, hóa chất, giã cào, đào xới đáy biển…
Trước đây, ngay trong vịnh Nha Trang tồn tại 2 đầm đăng đánh bắt hải sản tại Hòn Mun và Hòn Nọc chỉ cách khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang 100m. Nhiều du khách lặn biển từng phản ánh việc nghe thấy tiếng nổ như tiếng mìn khai thác hải sản ở vịnh Nha Trang.
Theo Ban quản lý vịnh Nha Trang, những điều trên đe dọa đến hệ sinh thái khu vực này. Việc ra quy chế này sẽ góp phần bảo vệ môi trường, bảo vệ hệ sinh thái vịnh biển Nha Trang đang ngày càng suy giảm.
Hiện nay, UBND TP Nha Trang đã có văn bản yêu cầu tất cả các tàu du lịch phải lắp đặt hệ thống két chứa chất thải khép kín nhằm bảo đảm an toàn vệ sinh môi trường vịnh Nha Trang.
Theo đó, Doanh nghiệp tư nhân Compo là đơn vị được chỉ định lắp đặt thiết bị thu gom chất thải trên tàu du lịch. UBND TP hỗ trợ xây dựng trạm trung chuyển chất thải với tổng kinh phí khoảng 135 triệu đồng để bơm hút chất thải từ tàu du lịch đưa về nơi quy định; trang bị két kín chứa chất thải làm bằng vật liệu composit loại 250 lít có hệ thống giảm áp, kết nối trạm trung chuyển, xử lý hàng ngày.
Đối với phương tiện trên 40 khách sẽ dùng hệ thống tự hoại bằng vi sinh, có thể hoạt động từ 6 đến 12 tháng mới xử lý hút, vệ sinh một lần. Hiện, số tàu du lịch đang hoạt động trên vịnh là 124, trong đó tàu từ 20 đến 40 khách có 53 tàu, tàu từ 41 đến 100 khách có 71 tàu.
