Cụ thể, tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu giao Sở KH&ĐT thu hồi giấy chứng nhận đầu tư đã cấp cho phía Vinalines. Đồng thời yêu cầu các sở, ngành và huyện Tân Thành tiến hành rà soát, xử lý các thủ tục liên quan để tổng hợp báo cáo gửi về UBND tỉnh. Ngoài ra huyện Tân Thành phải công bố lại quy hoạch của khu đất sau khi Nhà máy chấm dứt hoạt động.
Theo tìm hiểu của Pháp Luật TP.HCM, từ tháng 12-2016, Sở TN&MT tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu đã có kết luận thanh tra việc quản lý, sử dụng đất đối với dự án Nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines trên. Cụ thể Vinalines được tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu cấp giấy chứng nhận đầu tư lần đầu ngày 25-5-2010 với ngành nghề kinh doanh là đóng tàu, sửa chữa linh kiện tàu, bảo dưỡng phương tiện ngành đường thủy... Tổng vốn đầu tư hơn 6.489 tỷ. Tháng 12-2010, tỉnh ra quyết định giao gần 926.000 m2 đất (giao đất có thu tiền sử dụng đất) tại xã Mỹ Xuân, huyện Tân Thành để Vinalines đầu tư dự án.
Tuy nhiên đến thời điểm thanh tra, Vinalines chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Vinalines chưa nộp tiền sử dụng đất theo quy định số tiền hơn 136 tỷ đồng theo thông báo. Ngày 30-6-2015, Chi Cục Thuế huyện Tân Thành có văn bản gửi tỉnh đề xuất thu hồi phận diện tích đất đã giao cho Vinalines do không có khả năng nộp tiền sử dụng đất.
Qua thanh tra, công ty thừa nhận hành vi vi phạm trong quản lý, sử dụng đất theo quy định pháp luật về đất đai. Công ty chưa được giao đất thực địa, chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính với khu đất được giao. Công ty này cũng không đưa đất vào sử dụng sau hơn hai năm kể từ khi giao đất thực địa. Tiến độ thực hiện dự án chậm so với tiến độ được phê duyệt.
Theo kết luận nhận xét có một số nguyên nhân khách quan khác như việc tỉnh đầu tư xây dựng cầu Phước An cắt ngang khu đất giao cho công ty Vinalines buộc chủ đầu tư phải điều chỉnh thiết kế dự án, quy hoạch tổng thể mặt bằng. Công ty cũng phải dừng đầu tư để phục vụ điều tra vụ án tham ô xảy ra tại Tổng công ty Hàng hải Việt Nam. Công ty đang xin phép Bộ GTVT và tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu điều chỉnh công năng khu đất được giao từ cảng đóng sửa tàu sang cảng tổng hợp bao gồm cả trung chuyển than.
Đầu tháng 5-2017, UBND tỉnh có Thông báo kết luận về chủ trương thu hồi dự án Nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines phía Nam. Theo tỉnh, đến nay đã hơn 6 năm, dự án vẫn chưa triển khai xây dựng, chậm tiến độ so với giấy chứng nhận đầu tư được cấp lần đầu năm 2010, vi phạm quy định tại điểm i khoản 1 Điều 64 Luật Đất đai năm 2013. Đồng thời đến thời điểm hiện nay, công ty cũng chưa nộp tiền sử dụng đất, chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính theo cam kết và quy định. Do đó, tỉnh đã thống nhất về chủ trương thu hồi dự án. Việc thu hồi, chấm dứt hoạt động dự án theo quy định nhằm khai thác, tránh lãng phí nguồn lực đất đai, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.
