Theo đó, Chính phủ thống nhất chủ trương đẩy mạnh thực hiện tự chủ đại học gắn với nâng cao chất lượng giáo dục đại học.
Các trường đại học được giao quyền tự chủ cả về chuyên môn, tổ chức nhân sự, tài chính và tăng cường trách nhiệm giải trình;
Các trường cũng phải quy định rõ về kiểm định chất lượng và cơ chế học bổng nhằm bảo đảm quyền tiếp cận giáo dục đại học chất lượng cao cho con em hộ nghèo, đối tượng chính sách;
Cùng với việc thực hiện tự chủ, sẽ giảm mạnh sự can thiệp hành chính của các cơ quan chủ quản đối với hoạt động của các trường đại học, tiến tới xóa bỏ cơ chế chủ quản;
Mô hình quản trị đại học sẽ được đổi mới theo hướng chuyển từ chế độ thủ trưởng (hiệu trưởng) sang chế độ tập thể lãnh đạo (hội đồng trường).
Tại hội thảo Tự chủ đại học - cơ hội và thách thức vừa được Hội đồng quốc gia giáo dục và phát triển nhân lực và Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam phối hợp tổ chức mới đây, Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam đã chỉ ra những rào cản chính của tự chủ đại học.
Theo Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam, có ba vấn đề chính vướng ở các trường là tài chính, quản lý nhà nước và mô hình quản trị đại học.
Trong đó, về vấn đề tài chính, hầu hết các trường đều hiểu khi tự chủ sẽ bị Nhà nước cắt hoàn toàn kinh phí đầu tư và phải đối mặt với việc tăng học phí với nhiều áp lực từ dư luận. Tuy nhiên, Phó Thủ tướng khẳng định Nhà nước sẽ không cắt đầu tư mà chỉ thay đổi về phương thức đầu tư.
Phó Thủ tướng cũng nhấn mạnh phải từng bước tiến tới xóa bỏ cơ chế Bộ chủ quản để đảm bảo cho Hội đồng trường hoạt động hiệu quả. Khi trao cơ chế tự chủ cho trường đại học hoàn toàn không đồng nhất với cơ chế phân quyền trách nhiệm giám sát trường đại học từ trung ương cho các tỉnh, thành phố và địa phương.
