Tuy nhiên, sau khi thẩm vấn Tòa đã quyết định trả hồ sơ (lần 2) cho Viện kiểm sát, yêu cầu điều tra bổ sung, làm rõ thêm một số vấn đề mà không thể bổ sung tại phiên tòa.
Theo cáo trạng, từ ngày 19-12 đến ngày 22-12-2014, Phòng CSĐT tội phạm về Môi trường tiến hành kiểm tra, xác minh xác định Hải cất giấu rất nhiều xác cá thể rùa biển tại khu vực chăn nuôi của nhà bà Vũ Thị Hải Thanh tại thôn Phước Hạ, xã Phước Đồng.
Nhận thấy vụ việc có dấu hiệu tội phạm nên phòng PC69 chuyển hồ sơ cho cơ quan CSĐT (PC44). Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan CSĐT tiến hành khám xét khẩn cấp nơi ở đối với Hải đã thu giữ tại nhà xưởng 4 xác cá thể rùa, 4 sừng động vật; thu giữ một số phương tiện, máy móc phục vụ việc chế tác rùa và lấy mẫu dung dịch trong bể chứa.
Tiến hành khám nghiệm từng khu vực tạo nhà bà Thanh, lực lượng chức năng phát hiện 9 địa điểm cất giấu xác cá thể rùa, trong đó có 7 địa điểm xác cá thể rùa đang được ngâm hóa chất (nghi phóc môn). Cơ quan điều tra thu giữ tổng cộng 4.379 xác cá thể rùa. Trong đó có 4.368 xác nghi Đồi Mồi. Có 6 xác cá thể rùa biển thuộc loại Rùa Xanh (Đồi mồi dứa), có tên khoa học là Chelonia mydas nằm trong nhóm danh mục các loài có nguy cơ tuyệt chủng rất lớn (EN-Endangered).
Bị cáo Hoàng Tuấn Hải trước tòa
Ngoài ra, quá trình khám nghiệm và vận chuyển xác cá thể rùa, cơ quan CSĐT còn phát hiện trong kho hàng của Hải tại thôn Phước Hải và 2 bãi đất trống gần đó có nhiều vỏ sò có kích thước và trọng lượng rất lớn nằm rải rác trên diện tích rộng. Nghi đây là loài trai tai tượng lớn nên cơ quan điều tra đã thu giữ tổng cộng 3.855 vỏ sò, mỗi vỏ sò được bọc trong bao tải, có miếng cao su bọc quanh vùng miệng và được cột dây để tiện vận chuyển. Qua điều tra xác nhận 3.855 vỏ sò thuộc loại Trai tai tượng khổng lồ, có tên khoa học là Tridacnagigas, cũng nằm trong nhóm danh mục các loài có nguy cơ tuyệt chủng cực kỳ lớn...
Qua làm việc sơ bộ, Hải khai nhận 789 vỏ sò trong kho hàng là của người khác gửi, số vỏ sò tại 2 bãi đất trống Hải không biết của ai.
Trung tâm Giáo dục thiên nhiên (ENV) từng xác định đây là vụ tàng trữ xác rùa biển với số lượng lớn nhất thế giới. Do khó khăn trong đánh giá chứng cứ, xác định tội danh nên việc điều tra, truy tố đã kéo dài.
