Theo đó, trường sẽ thực hiện tuyển sinh theo hình thức kết hợp giữa xét tuyển với kiểm tra, đánh giá năng lực theo hai vòng. Vòng một tổ chức xét tuyển đối với những học sinh (HS) có đủ điều kiện dự tuyển, có hồ sơ hợp lệ; vòng hai sẽ tổ chức kiểm tra, đánh giá năng lực đối với những HS đã qua xét tuyển vòng một. Ở vòng hai, HS phải thực hiện ba bài kiểm tra, đánh giá năng lực ở ba môn: toán, tiếng Việt và tiếng Anh. Thời gian làm mỗi bài kiểm tra là 45 phút theo hình thức kết hợp trắc nghiệm và tự luận. Nội dung kiểm tra thuộc chương trình giáo dục tiểu học, chủ yếu nằm trong chương trình lớp 5, đảm bảo yêu cầu bốn cấp độ nhận thức: nhận biết, thông hiểu, vận dụng cấp độ thấp và vận dụng cấp độ cao. Bài kiểm tra, đánh giá năng lực được tính theo thang điểm 10. Điểm tuyển sinh của HS là tổng điểm ba bài kiểm tra, đánh giá năng lực. Trường sẽ tuyển sinh theo điểm từ cao xuống thấp đến khi hết chỉ tiêu.
Trường THPT chuyên Hà Nội-Amsterdam là trường có chất lượng đầu vào cao nhất của Hà Nội nên việc tuyển sinh lớp 6 của trường luôn ở tình trạng quá tải so với chỉ tiêu. Vì vậy, trường phải thi tuyển thay vì xét tuyển để chọn lọc thí sinh.
