Kết luận thanh tra đã chỉ ra hàng loạt sai phạm tại trường này, đặc biệt là những vi phạm trong tuyển sinh đào tạo liên thông, thu học phí, lệ phí…
Theo đó, trong hai năm liên tiếp 2011, 2012 trường đã tuyển sinh đào tạo cao đẳng liên thông lên đại học vượt trên 1.000 chỉ tiêu so với quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Nhiều sinh viên trúng tuyển trong 3 năm (2010 – 2012) chưa đảm bảo điều kiện tham gia dự thi. Về đào tạo vừa học vừa làm, năm 2010, trường tự ra đề thi khối C cho 2 kỳ thi tuyển sinh ngành Luật kinh tế dù ngành này chưa đủ điều kiện tuyển sinh hệ vừa học vừa làm.
Một số học viên trúng tuyển hệ đào tào thạc sĩ chưa đảm bảo điều kiện dự thi, số lượng học viên nhiều nhưng lực lượng giảng viên và cán bộ quản lý còn thiếu, tài liệu, sách tham khảo còn ít, ảnh hưởng đến chất lượng đào tạo.
Ngoài ra, nhà trường thu học phí, lệ phí vượt quy định của nhà nước gần 19 tỷ đồng; ban hành và thực hiện một số khoản thu có tính chất phí, lệ phí ngoài danh mục của Nhà nước với số tiền gần 2,3 tỷ đồng.
Đoàn thanh tra cũng cho rằng, Đại học Mở TP HCM thu học phí, lệ phí quá quy định nhưng không trả lương dạy thêm giờ đối với giảng viên; trích lập quỹ học bổng trong ba năm không đảm bảo mức tối thiểu 15% thu học phí chính quy. Tổng số tiền trích thiếu giai đoạn 2010-2012 lên đến hơn 20,7 tỷ đồng (không kể chương trình đào tạo đặc biệt).
