Trước đó, Bộ Công an đã có báo cáo cho biết: Qua quá trình điều tra, Bộ Công an nhận thấy những sai phạm của Công ty Thuận Phong không đủ căn cứ khởi tố vụ án hình sự, chỉ ở mức độ xử lý hành chính. Bộ Công an giao Công an tỉnh Đồng Nai phối hợp với VKSND tỉnh Đồng Nai báo cáo UBND tỉnh chỉ đạo các cơ quan chức năng tỉnh xử lý vi phạm của Công ty Thuận Phong theo đúng quy định.
Tuy nhiên, theo báo cáo của Tổ công tác liên ngành, Văn phòng thường trực Ban 389 quốc gia, có đủ căn cứ để khởi tố Công ty Thuận Phong về tội sản xuất, buôn bán phân bón giả với phạm vi hoạt động trên nhiều tỉnh, TP... Báo cáo nêu rõ vụ việc của Công ty Thuận Phong đã được các bộ, ngành liên quan kiểm tra và có ý kiến. Theo đó, Bộ KH&CN đã hai lần có văn bản kết luận và khẳng định rõ tội sản xuất hàng giả; Bộ Quốc phòng cũng có văn bản chỉ rõ sai phạm và đề nghị xử lý nghiêm.
Văn bản nhấn mạnh, Công ty Thuận Phong hoạt động sản xuất, kinh doanh khi chưa đủ các điều kiện, chưa được cấp phép sản xuất theo quy định. Hành vi này có dấu hiệu tội kinh doanh trái phép được quy định tại Bộ luật Hình sự 1999 được sửa đổi bổ sung năm 2009.
Như vậy, suốt một năm từ khi phát hiện ra vụ việc đến nay, các cơ quan chức năng vẫn chưa giải quyết xong vụ việc này.
Trước đó, ngày 23-4-2015, Tổ liên ngành Ban 389 đã kiểm tra Công ty Thuận Phong (phường Long Bình, Biên Hòa, Đồng Nai) và phát hiện công nhân của công ty đang sản xuất, sang chiết, đóng gói phân bón giả (giả phân bón của Mỹ) với số lượng lớn.
