Đại hội đã tiến hành thảo luận và góp ý dự thảo quy chế tổ chức hoạt động và quy chế tài chính nội bộ nhằm chuẩn bị hồ sơ trình các cơ quan chức năng thẩm định và công nhận là trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận theo Điều lệ trường ĐH mới.
Đại hội đã bị gián đoạn khoảng 15 phút do hai cổ đông Nguyễn Trung Đức và Nguyễn Thị Hòa phản ứng vì cho rằng đại hội toàn trường tổ chức chưa hợp lệ. Tuy nhiên, các đại biểu khác đã đồng loạt phản đối. Bà Bùi Trân Phượng, Hiệu trưởng nhà trường, cho biết theo Điều lệ trường ĐH mới do Chính phủ ban hành theo Quyết định số 70/2014/QĐ-TTg thì từ ngày 30-1, trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận sẽ không tổ chức đại hội đồng cổ đông mà thay vào đó là tổ chức đại hội toàn trường. Bởi vậy việc tổ chức đại hội này là hợp lệ… Sau đó bảo vệ đã đưa ông Đức rời khỏi hội trường.
Trước đó, ngày 29-1, Sở GD&ĐT TP.HCM làm việc với HĐQT cùng các cổ đông Trường ĐH Hoa Sen và đã có văn bản gửi những thành viên liên quan. Về chủ trương hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, Sở GD&ĐT cho rằng theo Điều lệ trường ĐH, trường muốn hoạt động theo cơ chế này phải làm hồ sơ để Bộ GD&ĐT thẩm định và trình Thủ tướng phê duyệt. Sở GD&ĐT cũng cho rằng do HĐQT và các cổ đông chưa thống nhất được tỉ lệ góp vốn của cổ đông nên chưa đủ cơ sở pháp lý đề xuất UBND TP công nhận HĐQT bầu ra tại đại hội đồng cổ đông bất thường ngày 2-8-2014.
