Theo đó, có ý kiến cho rằng phương pháp tính thuế nhập khẩu theo bình quân gia quyền hiện nay chưa phản ánh đúng tinh thần điều hành giá xăng dầu theo Nghị định 83/2014, chưa đúng diễn biến giá thành phẩm xăng dầu thế giới.
Bộ Tài chính bác bỏ quan điểm này và cho rằng thuế nhập khẩu chỉ là một trong các yếu tố cấu thành giá cơ sở, mà mức thuế suất để tính thuế nhập khẩu ổn định theo quý (lấy quý trước tính cho quý sau) cũng tương tự như việc lấy theo bất kỳ một mức thuế nhập khẩu nào, ví dụ như thuế nhập khẩu ưu đãi hay thuế nhập khẩu đặc biệt.
Ngoài ra, cũng có quan điểm cho rằng cách tính thuế bình quân gia quyền theo hướng dẫn của Bộ Tài chính sẽ gây dư luận là việc điều hành giá xăng dầu thiếu tính công khai, minh bạch vì số liệu cụ thể để tính toán ra các mức thuế bình quân gia quyền khó theo dõi, giám sát. Đặc biệt, việc áp dụng mức thuế bình quân gia quyền trong công thức tính giá cơ sở xăng dầu chưa giải quyết được hài hòa quyền lợi giữa Nhà nước, người tiêu dùng và các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh xăng dầu và đảm bảo an ninh năng lượng quốc gia.
Về vấn đề này, Bộ Tài chính lại cho rằng nếu thuế nhập khẩu được tính theo mức thuế nhập khẩu ưu đãi như thời gian trước thì các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu được hưởng lợi, ảnh hưởng đến quyền lợi của người tiêu dùng mà báo chí từng phản ánh. Còn nếu thuế nhập khẩu được tính theo mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt thấp nhất trong các biểu thuế thì người tiêu dùng được hưởng lợi nhưng lại ảnh hưởng đến quyền lợi của các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu. Bởi vì không phải tất cả xăng dầu khi nhập khẩu đều được áp dụng mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt thấp nhất. Nhất là sẽ xảy ra tình trạng các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu không muốn bị lỗ nên chỉ nhập xăng dầu từ nguồn được áp dụng mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt thấp nhất. Trong khi đó nguồn cung không đáp ứng đủ sẽ ảnh hưởng đến an ninh năng lượng quốc gia.
"Trong giai đoạn này, thuế nhập khẩu trong công thức tính giá cơ sở được tính theo mức thuế nhập khẩu bình quân gia quyền là hợp lý nhất, giải quyết được hài hòa quyền lợi giữa Nhà nước, doanh nghiệp và người tiêu dùng, đảm bảo an ninh năng lượng quốc gia" - Bộ Tài chính khẳng định.
