Theo đó, thuế nhập khẩu xăng dầu sẽ được tính theo mức thuế bình quân dựa trên tỉ trọng xăng dầu nhập khẩu các nước ký biểu thuế hiệp định thương mại tự do.
Mức thuế này được xác định theo quý (dùng số liệu của quý trước để tính cho quý sau) do Tổng cục Hải quan tổng hợp, xác định qua hệ thống hải quan điện tử.
Trước đây, theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, trong công thức tính giá cơ sở đối với sản phẩm xăng dầu thì mức thuế nhập khẩu là mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN). Mức thuế nhập khẩu ưu đãi mà cơ quan điều hành giá xăng dầu đang áp dụng dựa trên Thông tư 78/2015 của Bộ Tài chính là 20% đối với xăng, 10% với dầu diesel và madut, 13% với dầu hỏa.
Tuy nhiên, song hành với Thông tư 78, Bộ Tài chính còn ban hành hai thông tư khác liên quan đến thuế nhập khẩu của mặt hàng xăng dầu. Đó là Thông tư 165 áp dụng mức thuế theo Hiệp định Thương mai hàng hóa ASEAN (ATIGA) và Thông tư áp thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo FTA Việt Nam - Hàn Quốc. Theo đó, mức thuế nhập khẩu mà hai thông tư này áp dụng đều thấp hơn 5%- 10% so với Thông tư 78.
Nguồn xăng dầu nhập về Việt Nam chủ yếu từ các nước ASEAN, do đó nhờ chênh lệch mức thuế này mà doanh nghiệp xăng dầu lãi lớn trong năm qua.
