Trong văn bản trả lời Văn phòng Chính phủ về việc TP.HCM xin điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án đường sắt đô thị Bến Thành - Tham Lương giai đoạn 1 từ 1,3475 tỉ USD lên 2,074 tỉ USD (tăng 726,5 triệu USD, khoảng 51%), Bộ Tài chính đề nghị cần làm rõ trách nhiệm việc tăng vốn này. 

Cụ thể, Bộ Tài chính đề nghị UBND TP.HCM xác định rõ các nguyên nhân khách quan, chủ quan và làm rõ trách nhiệm của các đơn vị, cá nhân trong việc lập, thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư để xem xét, giải quyết theo quy định của pháp luật.

Trong văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ trước đó về điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án, UBND TP.HCM kiến nghị Thủ tướng tiếp tục cho phép TP được áp dụng cơ chế tài chính đối với phần vốn tăng thêm theo nguyên tắc giống cơ chế tài chính đã được phê duyệt cho dự án mà Thủ tướng cho phép thực hiện trước đây.

Theo nguyên tắc: ngân sách trung ương cấp phát vốn ODA xây dựng kết cấu hạ tầng dự án và chi phí khác (tư vấn, dự phòng); chủ đầu tư vay lại phần chi mua sắm thiết bị; ngân sách địa phương chi trả công tác đền bù, giải phóng mặt bằng và các nhu cầu đối ứng khác (nếu có).

Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho rằng nếu theo kiến nghị trên, ngân sách trung ương phải vay nước ngoài để cấp phát bổ sung cho dự án đối với phần vốn xây dựng kết cấu hạ tầng, đường sắt và chi phí khác sẽ tác động không nhỏ đến nghĩa vụ trả nợ trực tiếp của ngân sách và tỉ lệ nợ công.

Vì vậy, Bộ Tài chính kiến nghị áp dụng cơ chế tài chính ngân sách nhà nước cho UBND TP.HCM vay lại toàn bộ phần vốn tăng thêm cho dự án theo điều kiện vốn vay nước ngoài.

Để áp dụng cơ chế tài chính như trên, UBND TP.HCM cần tách riêng giá trị dự kiến ban đầu của các gói thầu được áp dụng cơ chế cấp phát một phần, cho vay lại một phần theo nội dung đầu tư như đã được phê duyệt ban đầu và giá trị điều chỉnh tăng áp dụng cơ chế cho vay lại toàn bộ.

Bộ Tài chính cũng đề nghị UBND TP.HCM rà soát tiến độ triển khai thực hiện từng gói thầu của dự án và có các giải pháp quản lý để tránh tiếp tục kéo dài thời gian thực hiện, có thể làm tăng tổng mức đầu tư do tăng chi phí quản lý, chi phí lãi vay, rủi ro tỉ giá và biến động giá xây dựng.

Trong trường hợp UBND TP.HCM chịu trách nhiệm bố trí và trả nợ cho phần vốn huy động thêm, Bộ Tài chính đề nghị UBND TP.HCM trình Chính phủ để báo cáo Quốc hội.