Công tác quản lý, bảo vệ tài nguyên của Cát Tiên cũng được các chuyên gia đánh giá tốt.Tuy nhiên trong quá trình thẩm định, các chuyên gia của IUCN cũng bày tỏ lo ngại dự án thủy điện Đồng Nai 6, 6A trên sông Đồng Nai có thể tác động đến nguồn nước trong khu vực bảo tồn, ảnh hưởng đến quá trình đề cử.
Ông Nguyễn Thành Trí, phó chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai, cho biết tỉnh đã có văn bản trình Chính phủ ngay khi dự án được công bố, đồng thời đã thành lập hội đồng khoa học đánh giá tác động môi trường của dự án.
Trong trường hợp dự án không được điều chỉnh, sau khi vườn quốc gia Cát Tiên được công nhận di sản thì theo Luật di sản, dự án này cũng sẽ không thực hiện được.