Quy định này không chỉ tạo ra cơ chế đặc biệt để giúp cơ quan tố tụng thuận lợi hơn trong đấu tranh với một số tội phạm nguy hiểm mà còn nâng cao hiệu quả chống tội tham nhũng. Nó giúp cơ quan điều tra công khai việc chuyển hóa các tài liệu trinh sát thành chứng cứ bút lục trong hồ sơ để phục vụ quá trình tố tụng. Luật tố tụng hình sự ở nhiều nước cũng đã quy định thiết chế này.
Thế nhưng cái gì cũng có tính hai mặt. Nhiều người lo ngại việc ghi âm, ghi hình bí mật, nghe điện thoại bí mật, thu thập bí mật dữ liệu điện tử..., nếu bị sử dụng bừa bãi sẽ xâm phạm quyền tự do cá nhân, quyền con người, vốn đã được hiến định tại Hiến pháp 2013. Và ai dám chắc rằng những cán bộ tố tụng sẽ không lạm quyền trong quá trình thi hành công vụ, lợi dụng quyền năng đặc biệt này để tư lợi cá nhân. Do vậy quy định tiến bộ trên phải được cụ thể hóa sao cho vừa chế ngự được việc lạm quyền mà vẫn phát huy tối đa lợi thế của nó.
Vấn đề này đã được đặt ra ngay trong luật, đó là thẩm quyền ra quyết định áp dụng các biện pháp điều tra đặc biệt phải là thủ trưởng cơ quan điều tra cấp tỉnh, cấp quân khu trở lên. Nếu do cấp huyện thụ lý thì thủ trưởng cơ quan điều tra cấp huyện đề nghị cấp trên áp dụng. Việc quyết định phải được viện trưởng VKS cùng cấp phê chuẩn và áp dụng không quá hai tháng kể từ ngày được phê chuẩn. Sau đó thông tin, tài liệu thu thập được bằng biện pháp điều tra đặc biệt cũng phải được gửi cho viện trưởng VKS đã phê chuẩn và có thể được dùng làm chứng cứ. Nếu việc sử dụng chứng cứ đó ảnh hưởng đến an toàn của cá nhân liên quan hoặc có thể phát sinh hậu quả nghiêm trọng thì cơ quan tiến hành tố tụng có thể áp dụng biện pháp bảo vệ đặc biệt hoặc không làm lộ thân phận của người có liên quan. Những thông tin, tài liệu này không được dùng vào mục đích khác, nếu không liên quan đến vụ việc, vụ án thì phải tiêu hủy.
Thế nhưng vẫn còn đó những vấn đề chưa rõ như thời điểm áp dụng này là ngay từ khi kiểm tra, xác minh tố giác, tin báo hay từ khi xác định được đối tượng nghi vấn hoặc kể từ khi khởi tố bị can. Hoặc khi nghe lén đối tượng trao đổi trên mạng, qua điện thoại có nhiều người vô tình giao dịch, trao đổi với đối tượng về vấn đề liên quan thì họ có bị áp dụng các biện pháp tố tụng đặc biệt hay không. Ngoài ra, chế độ bảo mật thông tin do điều tra đặc biệt có được như thế nào?
Rõ ràng đây là những biện pháp rất nhạy cảm, nên tất cả quy định trên phải được dự liệu và cụ thể hóa bằng các văn bản hướng dẫn dưới luật liên quan. Làm sao để vừa đảm bảo chế định mới được thực thi một cách có hiệu quả, là một công cụ “lợi hại” để chống quan tham nhưng đồng thời phải đảm bảo các thiết chế liên quan để tạo nên vòng cương tỏa chống lạm quyền, vì trên hết vấn đề “quyền con người” mà Hiến pháp đã hiến định cần phải được đảm bảo một cách cao nhất.
