Theo quy định, trường hợp phía nước ngoài thanh toán từ tài khoản tiền gửi vãng lai của phía nước ngoài mở tại các tổ chức tín dụng tại Việt Nam thì việc thanh toán này phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng- nếu có). Chứng từ thanh toán là giấy báo Có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản vãng lai của người mua phía nước ngoài đã ký hợp đồng.

Cơ quan thuế khi kiểm tra việc khấu trừ, hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu thanh toán qua tài khoản vãng lai, cần phối hợp với tổ chức tín dụng nơi người mua phía nước ngoài mở tài khoản để đảm bảo việc thanh toán, chuyển tiền thực hiện đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật.

Theo đó, trước ngày 1-1-2014, trường hợp doanh nghiệp Việt Nam xuất khẩu cho người mua phía nước ngoài, phía nước ngoài thanh toán từ tài khoản tiền gửi vãng lai của phía nước ngoài mở tại các tổ chức tín dụng tại Việt Nam, (Bộ Tài chính cũng đã có công văn 12485/BTC-TCT ngày 18/9/2013 về việc tăng cường công tác quản lý thuế, hải quan liên quan đến hoàn thuế GTGT hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền hướng dẫn trường hợp khách hàng nước ngoài thanh toán tiền mua hàng hóa qua tài khoản vãng lai mở tại ngân hàng ở Việt Nam; công văn số 10024/BTC-TCT ngày 22/7/2014 của Bộ Tài chính về một số biện pháp tăng cường công tác quản lý thuế, hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền; công văn số 18002/BTC-TCT ngày 22/12/2009 về việc thanh toán qua ngân hàng từ tài khoản vãng lai hướng dẫn cụ thể). 

Từ ngày 1-1-2014, việc thanh toán từ tài khoản vãng lai của phía nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn tại Điểm b.7, Khoản 3, Điều 16 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT. Theo đó, trường hợp thanh toán từ tài khoản vãng lai của cá nhân không đáp ứng điều kiện thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu.

Công văn này thay thế công văn số 803/TCT-CS ngày 13/3/2014 của Tổng cục Thuế.