Đặc biệt, BV đã phẫu thuật tim hở cho trẻ có cân nặng thấp nhất là 2 kg, ca phẫu thuật tim kín trẻ có cân nặng thấp nhất là 1,2 kg. Tỷ lệ tử vong phẫu thuật tim giảm từ 7,7% (vào năm 2004) xuống còn 1,1% vào năm 2014.
Mặc dù BV và BS đã hoạt động hết công suất nhưng đến nay có khoảng 1.300 trẻ bệnh tim bẩm sinh phải chờ phẫu thuật.
BV Nhi đồng 1 triển khai phẫu thuật tim kín từ năm 2004 và phẫu thuật tim hở cho trẻ bị bệnh tim bẩm sinh từ năm 2007. Bắt đầu từ những ca đơn giản ban đầu như còn ống động mạch, thông liên nhĩ, thông liên thất, hẹp eo động mạch chủ, đến nay BV có thể phẫu thuật hầu hết các tật tim bẩm sinh phức tạp như chuyển vị động mạch, bất thường hồi lưu tĩnh mạch phổi, tứ chứng Fallot, những bệnh mà trước đây bệnh nhân phải ra nước ngoài điều trị.
