Theo Bộ GD-ĐT, việc tuyển sinh và tổ chức đào tạo trình độ đại học, cao đẳng hệ chính quy ngoài cơ sở chính của Trường ĐH Công nghiệp TP.HCM tại Đồng Nai, Thanh Hóa, Thái Bình, Quảng Ngãi, Nghệ An là không đúng quy định.

Việc nhà trường tuyển sinh và tổ chức đào tạo liên thông (trong đó có cả đào tạo liên thông từ cao đẳng nghề lên đại học) khi chưa được phép là sai.

Việc liên kết đào tạo với Trường ĐH Thành Đô (3.000 sinh viên đại học và cao đẳng), Trường CĐ Công nghệ kỹ thuật Đồng Nai (nay đã nâng cấp thành Trường ĐH Công nghệ Đồng Nai) tuyển 1.500 sinh viên hệ cao đẳng, Trường CĐ Nguyễn Tất Thành (nay nâng cấp thành Trường ĐH Nguyễn Tất Thành, vẫn còn 12 sinh viên chưa được cấp bằng) là trái với quy định.

Ngoài ra, Trường ĐH Công nghiệp TP.HCM còn tổ chức tuyển sinh và đào tạo trình độ cao đẳng ngành điều dưỡng khi chưa được bộ cho phép mở ngành cũng trái với quy định.

Trước hàng loạt sai phạm trên, Bộ GD-ĐT yêu cầu Trường ĐH Công nghiệp TP.HCM dừng tuyển sinh ngoài cơ sở trong năm 2013, chấm dứt tuyển sinh liên thông từ năm 2013, dừng đào tạo ngành điều dưỡng để liên hệ với những cơ sở đào tạo thích hợp để bàn giao sinh viên.

Bên cạnh đó, Bộ GD-ĐT yêu cầu nhà trường giảm dần quy mô đào tạo để đảm bảo các tiêu chí theo quy định. Bộ GD-ĐT cũng đề nghị Bộ Công thương phối hợp cùng Bộ GD-ĐT để quản lý các hoạt động đào tạo của trường, đồng thời nghiêm túc kiểm điểm làm rõ trách nhiệm và xử lý kỷ luật đối với những cá nhân, tập thể có liên quan đến các sai phạm nói trên.