Theo quy định của Chính phủ, Bộ GD-ĐT là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông, trung cấp sư phạm, cao đẳng sư phạm, giáo dục đại học và các cơ sở giáo dục khác mục tiêu, chương trình, nội dung giáo dục, quy chế thi, tuyển sinh và văn bằng, chứng chỉ; phát triển đội ngũ nhà giáo và cán bộ quản lý giáo dục, bảo đảm chất lượng, kiểm định chất lượng giáo dục, quản lý nhà nước các dịch vụ sự nghiệp công thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ…

Cơ cấu tổ chức mới của Bộ GD- ĐT gồm 26 đơn vị, trong đó có 21 đơn vị giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước, còn 5 đơn vị là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.

Như vậy, so với cơ cấu tổ chức Bộ GD-ĐT trước đây vốn gồm 27 đơn vị thì cơ cấu tổ chức mới của Bộ GD-ĐT gồm 26 đơn vị đã có một số thay đổi, trong đó có một số cục, vụ sáp nhập, một số cơ quan cấp cục, vụ mới, một số cơ quan lại không còn trực thuộc bộ và một số cơ quan đổi tên gọi so với trước đây.

Cụ thể, Cục Đào tạo với nước ngoài và Vụ Hợp tác quốc tế sáp nhập thành Cục Hợp tác quốc tế; Cục Khảo thí và kiểm định chất lượng giáo dục đổi tên thành Cục quản lý chất lượng; Vụ Giáo dục Quốc phòng đổi tên thành Vụ Giáo dục Quốc phòng và an ninh; Vụ Công tác học sinh và sinh viên đổi tên thành Vụ Giáo dục chính trị và Công tác học sinh, sinh viên; Cục Cơ sở vật chất và thiết bị trường học, đồ chơi trẻ em đổi tên thành Cục Cơ sở vật chất…

Ngoài ra, trong nhóm các đơn vị giúp bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước có sự xuất hiện mới của Vụ Giáo dục thể chất. Tuy nhiên, trong danh sách 26 đơn vị này, không còn có tên cơ quan đại diện của Bộ GD-ĐT tại TP.HCM như trước đây.