Cụ thể, bệnh viện hợp đồng lao động đối với bà N.H.T. và N.T.A.N. với công việc phải làm là bác sĩ điều trị nhưng chưa đủ tiêu chuẩn thi tuyển, xét tuyển viên chức; ông Huỳnh Đại Hải là giám đốc bệnh viện nhưng lại kiêm trưởng khoa implant và kiêm trưởng phòng tổ chức cán bộ là sai quy định; giám đốc phân công ông Nguyễn Phi Long - phó phòng tổ chức cán bộ - tạm thời kiêm nhiệm phụ trách phòng hành chính quản trị là sai quy định.

Bệnh viện đã buông lỏng việc quản lý viên chức đi nước ngoài, không lưu trữ đầy đủ hồ sơ đi nước ngoài của viên chức. Năm 2012, tại bệnh viện có 111 lượt ban giám đốc và viên chức xin nghỉ phép thường niên đi công tác, du lịch nước ngoài, trong đó có 30 lượt viên chức (tỉ lệ 27%) đi không có quyết định của UBND TP, không có văn bản chấp thuận của Sở Y tế TP.

Ngoài ra, bệnh viện còn mở thầu không đúng quy định khi thực hiện gói thầu mua thang máy (trị giá 950 triệu đồng). Về việc mua sắm các ghế nha khoa thuộc dự án kích cầu (gồm chín loại thiết bị trị giá gần 10,3 tỉ đồng), bệnh viện tự điều chỉnh dự án không đúng thẩm quyền...

Giám đốc Sở Y tế TP đã yêu cầu bệnh viện tổ chức kiểm điểm các sai phạm do thực hiện chưa đúng quy định pháp luật những vấn đề trên đối với ông Huỳnh Đại Hải, ông Nguyễn Phi Long, ông Đàm Quốc Việt - trưởng phòng tài chính kế toán, tổ tư vấn đấu thầu, các cá nhân đi nước ngoài sai quy định...