Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Giao thông vận tải phối hợp với Bộ Tài chính xử lý khoản tiền hơn 170 tỉ đồng phát sinh từ những sai phạm, bất hợp lý trong quá trình thực hiện dự án.

Cụ thể, khi thực hiện dự án, nhà thầu Nippon Koei (Nhật Bản - nhà thầu trúng gói thầu tư vấn giai đoạn II) không tiến hành khảo sát mà sử dụng kết quả khảo sát của một đơn vị khác lập trước đó hai năm, dẫn đến kết quả khảo sát phục vụ thiết kế kỹ thuật thiếu chính xác, làm tăng thêm 29 tỉ đồng nhưng vẫn được chấp nhận thanh toán. Việc nhà thầu Nippon Koei vừa là nhà thầu tư vấn thiết kế, lập hồ sơ mời thầu vừa là nhà thầu giám sát các gói thầu là vi phạm Luật đấu thầu.

Trong gói thầu số 1 giai đoạn khẩn cấp (mua ba tàu lai và hai xuồng cao tốc trị giá hơn 70 tỉ đồng), nhà thầu Sahaisant (Thái Lan) giao Nhà máy đóng tàu Tam Bạc gia công và hưởng chênh lệch lớn (22,8 tỉ đồng). Dù nhà thầu Sahaisant bàn giao sản phẩm chậm 300 ngày, đáng lẽ phải chịu phạt 21 tỉ đồng nhưng vẫn cho qua. Đối với gói thầu 2 (công tác xây dựng) giai đoạn khẩn cấp, ban quản lý dự án và nhà thầu Penta Ocean đã ký hợp đồng trị giá 119,5 tỉ đồng theo hợp đồng điều chỉnh giá, trái với văn bản chỉ đạo của Thủ tướng trước đó đã phê duyệt hình thức hợp đồng trọn gói...

Ngoài các sai phạm trên, Thanh tra Chính phủ còn kết luận việc Cục Hàng hải VN cho phép đổ thải không đúng thẩm quyền nhưng Bộ Giao thông vận tải chấp nhận thanh toán làm tăng chi phí của dự án lên 24,6 tỉ đồng. Nhà thầu Nippon Koei thiết kế thiếu chính xác đường điện cao thế cắt ngang luồng cảng Lạch Huyện gây lãng phí 3,1 tỉ đồng. Liên danh Penta - Toa hưởng chênh lệch thêm 40,3 tỉ đồng do giao lại hạng mục nạo vét sâu.

Dự án cải tạo nâng cấp cảng Hải Phòng giai đoạn khẩn cấp và giai đoạn II là dự án nhóm A sử dụng nguồn vốn ODA Nhật Bản, triển khai từ năm 1995, tổng mức đầu tư của hai giai đoạn là hơn 2.432 tỉ đồng.