Theo người phát ngôn Công an TP Đà Nẵng, thượng tá Dương Cảnh Mai (chánh văn phòng), ông Trần Văn Thanh bị khởi tố theo khoản 1 điều 258 Bộ luật hình sự về tội “lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân”. Trước đó vào cuối năm 2008, Bộ Công an đã quyết định thôi chức vụ chánh thanh tra Bộ Công an đối với thiếu tướng Trần Văn Thanh.

Ngày 23-9-2008, tại phiên tòa xét xử vụ án hình sự “lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân” liên quan đến Nguyễn Phi Duy Linh (trú tại Ðà Nẵng), Dương Tiến (nguyên trung tá công an, trưởng đại diện báo Công An TP.HCM tại Hà Nội, trú tại Hà Nội) và Ðinh Công Sắt (nguyên thiếu tá Công an Ðà Nẵng, trú tại Ðà Nẵng), hội đồng xét xử TAND TP Ðà Nẵng đã ra quyết định tạm hoãn phiên tòa, trả lại hồ sơ điều tra bổ sung vụ án, đồng thời yêu cầu Viện KSND TP Ðà Nẵng tiếp tục bổ trợ đầy đủ các chứng cứ, đảm bảo thủ tục tố tụng.

Tại phiên tòa này, chủ tọa phiên tòa, ông Nguyễn Thành đã cho rằng: qua các tài liệu, chứng cứ và lời khai các bị cáo tại tòa, đủ cơ sở xác định thiếu tướng Trần Văn Thanh là đồng phạm trong vụ án hình sự này. Hội đồng xét xử cũng cho rằng: “Có căn cứ cho thấy Trần Văn Thanh gặp Ðinh Công Sắt lần đầu tại Ðà Nẵng, các lần gặp tiếp theo trực tiếp và qua điện thoại tại Ðà Nẵng, Hà Nội và TP.HCM để kích động, xúi giục, hứa hẹn, lôi kéo Sắt đi vào con đường phạm tội”.

Theo cáo trạng của Viện KSND TP Ðà Nẵng, từ tháng 1-2007, Nguyễn Phi Duy Linh, Dương Tiến đã có hành vi lôi kéo, kích động, xúi giục, giúp sức, lợi dụng quyền tự do dân chủ cung cấp tài liệu của Viện KSND TP Ðà Nẵng, một số tài liệu của chính quyền TP Ðà Nẵng cùng các thông tin không có cơ sở cho Ðinh Công Sắt để phát tán những tài liệu nói trên, khiếu kiện gay gắt, tố cáo sai sự thật đối với nhiều cán bộ lãnh đạo TP Ðà Nẵng nhằm hạ uy tín, gây phương hại đến an ninh trật tự địa phương vào thời điểm trước, trong và sau ngày bầu cử Quốc hội khóa XII.