Trong phần thẩm vấn, trả lời câu hỏi của luật sư Phan Trung Hoài, bị cáo Nguyễn Đức Giao (giám đốc NXB Tư Pháp) cho rằng “lỗi của chúng tôi lúc đó là chi phát hành phí cho ban 112 mà không qua tài khoản” nhưng các khoản chi đều có lập phiếu chi, có chứng từ.

Tuy nhiên, bị cáo Vũ Đình Thuần bác bỏ điều này và khẳng định NXB chuyển cho BĐH bao nhiêu tiền bị cáo không biết. Bị cáo khai: “Tháng 6-2007, trong một buổi kiểm tra công việc, tôi nghe nói có khoản tiền 667.500.000 đồng của NXB Tư Pháp chia cho BĐH, tôi không đồng ý và đến gặp bộ trưởng Bộ Tư pháp nhờ kiểm tra danh sách người nhận tiền thì mới biết số tiền ấy là tiền phát hành và nhuận bút. Nhuận bút thì BĐH đã thuê chuyên gia bậc cao viết bài. Phát hành cũng không cần, vì BĐH đã có kinh phí chuyển phát nhanh...”.

Về nội dung chỉ định thầu cho Công ty Nhất Vinh và Công ty Toàn Cầu, bị cáo Vũ Đình Thuần khẳng định đúng pháp luật. Vẫn nội dung này, bị cáo Lương Cao Sơn (nguyên ủy viên thư ký BĐH) cũng khẳng định thực hiện đúng pháp luật.

Đối với 23 hợp đồng ký với Công ty ISA, bị cáo Thuần khẳng định không cố tình xé nhỏ gói thầu như cáo trạng cáo buộc. Bị cáo nói: “23 hợp đồng ký với ISA bao gồm các việc thực hiện liên kết đào tạo, xây dựng hệ thống phần mềm dùng chung... được triển khai trong suốt thời gian ba năm” nên không thể coi là xé nhỏ hợp đồng. Bị cáo cũng phản bác quy kết khoản thiệt hại 1,3 tỉ trong các hợp đồng BĐH ký với ISA.

Liên quan đến số hợp đồng này, bị cáo Nguyễn Thúy Hà (giám đốc Công ty ISA) khai BĐH còn nợ công ty khoảng 10,5 tỉ đồng. Công ty ISA đã năm lần làm công văn gửi Bộ Tài chính, Bộ Thông tin - truyền thông để xin được thanh toán khoản này nhưng chưa được. Bị cáo Hà khẳng định mình bị oan, đề nghị tòa minh oan cho mình.