Cụ thể, đối với Bộ GD-ĐT, ủy ban này kiến nghị giao quyền tự chủ mạnh mẽ hơn cho các cơ sở GDĐH để các trường chủ động trong việc thu hút các nguồn lực đầu tư của xã hội (kể cả các trường công lập) phục vụ việc nâng cao chất lượng đào tạo. Hướng dẫn và quy định cụ thể về điều kiện cho phép thành lập và hoạt động của các chi nhánh, văn phòng hoặc cơ sở đào tạo của các trường ĐH, CĐ địa phương tại các trung tâm, thành phố lớn như Hà Nội và TP.HCM.

Ủy ban này cũng kiến nghị nghiên cứu xây dựng cơ chế thu học phí GDĐH theo hướng tính đúng, tính đủ chi phí cơ bản cần thiết cho đào tạo; từng bước gắn việc đào tạo với nhu cầu xã hội. Đối với những ngành nghề đào tạo có khả năng xã hội hóa cao (như kinh tế, tài chính, luật...) hoặc các hoạt động đào tạo cung cấp dịch vụ gắn với nhu cầu xã hội thì cơ sở GDĐH được tự xác định mức thu học phí cho phù hợp với khả năng đóng góp của xã hội, phù hợp với đặc điểm từng vùng, từng địa phương và từng giai đoạn trên cơ sở tính đủ các chi phí cơ bản, cần thiết cho đào tạo (như tiền lương; khấu hao các thiết bị, cơ sở vật chất...) và phải tương xứng với chất lượng dịch vụ đào tạo cung cấp, được xã hội thừa nhận. Đối với những ngành nghề đào tạo không hấp dẫn (như sư phạm, nông - lâm - ngư, nghệ thuật...) Nhà nước sẽ đặt hàng đào tạo và cấp kinh phí trên cơ sở tính đủ chi phí đào tạo.

Qua giám sát, ủy ban cho rằng việc thực hiện chủ trương xã hội hóa GDĐH chưa đạt được mục tiêu đề ra khi phát triển mạnh mẽ số lượng các cơ sở GDĐH ngoài công lập nhưng chưa có cơ chế, chính sách cụ thể và khả thi giúp loại hình trường này phát triển. Vì vậy nhiều cơ sở GDĐH ngoài công lập hiện nay đứng trước nguy cơ phải đóng cửa, giải thể vì cơ sở vật chất yếu kém và không tuyển được sinh viên. Công tác quản lý nhà nước về GDĐH tuy đã được cải thiện song vẫn còn tồn tại nhiều yếu kém, đặc biệt là trong quản lý đối với các hoạt động đào tạo liên thông, liên kết, nhất là liên kết đào tạo với nước ngoài. Báo cáo giám sát nêu rõ công tác thẩm định năng lực của đối tác liên kết còn chưa sâu sát dẫn đến có trường hợp tư cách pháp nhân của đối tác nước ngoài không bảo đảm, nhiều chương trình liên kết của một số trường ĐH chưa được kiểm định chất lượng nhưng vẫn được đưa vào hoạt động tại VN (như Trường ĐH Frederick Taylor, Trường ĐH Quốc tế Mỹ, Trường ĐH Preston, Trường ĐH Nam Thái Bình Dương, Trường ĐH Irvine - Hoa Kỳ...).