Ngoài ra, Đoàn Tô Hùng (31 tuổi, tổng giám đốc Công ty cổ phần đầu tư xây dựng Bình Sơn), Bùi Tiến Dũng (34 tuổi, giám đốc Công ty cổ phần Công nghiệp hóa Việt Nam) và tám người nguyên là các đội trưởng thi công, chỉ huy trưởng công trình, trưởng phòng, kế toán công trường thuộc PVC-ME bị khởi tố về hành vi “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”. Các quyết định trên đều đã được Viện KSND tối cao phê chuẩn.

Tháng 9-2012, cơ quan cảnh sát điều tra đã khởi tố vụ án kinh tế tại PVC-ME. Quá trình điều tra vụ án đã khởi tố năm người tại công ty này gồm Trịnh Văn Thảo (nguyên giám đốc), Bùi Trọng Chinh (nguyên kế toán trưởng, nguyên phó giám đốc), Đinh Bá Lượng (nguyên kế toán trưởng), Lê Thái Nam (nguyên chỉ huy trưởng công trường Ethanol Phú Thọ), Phạm Thị Hải Hà (thủ quỹ) về hành vi “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”. Tuy nhiên, Thảo xuất cảnh đi Mỹ từ ngày 31-7-2012, không làm việc với cơ quan điều tra. Do đó, cơ quan cảnh sát điều tra đã ra lệnh truy nã đặc biệt, tổng thư ký Interpol đã ra lệnh truy nã quốc tế đối với Thảo.

Quá trình điều tra vụ án, cơ quan điều tra tình nghi trong thời gian từ tháng 11-2009 đến tháng 7-2012, Trịnh Văn Thảo, khi đó là tổng giám đốc, đã chỉ đạo Bùi Trọng Chinh, Đinh Bá Lượng, Phạm Thị Hải Hà và trưởng phòng ban nghiệp vụ, các đội trưởng lập khống chứng từ tạm ứng để rút tiền từ quỹ của công ty và hợp thức hóa việc rút tiền. Đồng thời, Thảo chỉ đạo thực hiện thu tiền mặt của các công ty đối tác và nhân viên công ty nhưng không nộp vào quỹ, để ngoài sổ sách nhằm chi tiêu. Theo đó, các bị can này đã thu gần 39 tỉ đồng của 27 nhân viên và hơn 8,5 tỉ đồng của bảy công ty đối tác.

Để hợp thức hóa việc chi số tiền này, Trịnh Văn Thảo đã yêu cầu các bị can và 19 người là đội trưởng, chỉ huy trưởng công trình, các trưởng phòng lập và ký khống 43 phiếu chi rút tiền. Số tiền lập quỹ ngoài sổ sách được xác định trên 85 tỉ đồng. Số tiền quỹ này đã chi cho Trịnh Văn Thảo, Bùi Trọng Chinh, Đinh Bá Lượng, Phạm Thị Hải Hà hơn 72 tỉ đồng, chi cho 37 nhân viên công ty hơn 9 tỉ đồng. Phần còn lại các bị can chuyển vào quỹ công ty nhưng thực tế không nộp tiền. Trong số tiền đã chi, cơ quan điều tra tình nghi Thảo được hơn 6,4 tỉ đồng, Chinh được hơn 12,4 tỉ đồng.