Thông tư quy định rõ mức thu phí như sau: đối với người lớn là 20.000 đồng/người/lượt.

Đối với sinh viên, học sinh (học viên) trong các trường đại học, cao đẳng, trung cấp, trường dạy nghề, mức phí 10.000 đồng/người/lượt. Sinh viên, học sinh (học viên) là người có thẻ sinh viên, học sinh, học viên do các nhà trường thuộc hệ thống giáo dục quốc dân ở Việt Nam cấp.

Đối với trẻ em, học sinh trong các cơ sở giáo dục phổ thông, mức phí 5.000 đồng/người/lượt. Trẻ em là người từ 6 tuổi đến dưới 16 tuổi. Trường hợp khó xác định là người dưới 16 tuổi phải xuất trình giấy khai sinh, hộ chiếu, chứng minh nhân dân hoặc bất kỳ một giấy tờ khác chứng minh là người dưới 16 tuổi. Học sinh là người có thẻ học sinh do các nhà trường thuộc hệ thống giáo dục quốc dân ở Việt Nam cấp.

Thông tư cũng nêu rõ miễn phí tham quan Bảo tàng Yersin đối với các trường hợp: trẻ em dưới 6 tuổi; người khuyết tật đặc biệt nặng theo quy định của Chính phủ.

Giảm 50% mức phí tham quan Bảo tàng Yersin đối với các đối tượng được hưởng chính sách ưu đãi hưởng thụ văn hoá theo quy định; người cao tuổi; người khuyết tật nặng.

Tổ chức thu phí được trích 90% số tiền phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để trang trải cho các nội dung chi theo quy định của Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ. Nộp 10% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01-01-2017.