Một số chất màu tự nhiên như: caroten (cà rốt), lycopene (cà chua), anthocyanin (trong tai bụt giấm, một số trái cây có màu đỏ như dâu tằm…) được xem là những chất có khả năng chống oxy hóa, tức có khả năng chống lão hóa và có thể ngăn ngừa được sự phát triển của các khối u. Ngoài ra vitamin B2 cũng có màu vàng.

Các thực phẩm có chứa màu tự nhiên rất tốt cho sức khỏe nhưng với phẩm màu hóa học thì nên cẩn thận. Tuy nhiên, ngay cả đối với một số phụ gia thực phẩm trong danh mục được cấp phép sử dụng, nếu sử dụng quá mức quy định cũng có thể gây nguy cơ ngộ độc và ung thư.

Phẩm màu tổng hợp, thường ít gây ngộ độc cấp tính mà đa số là gây độc do tích lũy từ các liều rất nhỏ. Khi bị ngộ độc kiểu này thì khả năng phát hiện rất thấp. Chỉ khi các triệu chứng lâm sàng thể hiện thì mới có thể phát hiện nhưng khả năng cứu chữa là rất thấp.

Các loại thực phẩm thường sử dụng phẩm màu tổng hợp là các loại mứt, hoa quả đóng hộp, sữa chua, kem hỗn hợp, nước giải khát, tôm đông lạnh, dưa chuột muối, thịt quay, tương ớt, bánh cốm, bánh su sê…

Nếu là sản phẩm công nghiệp được sản xuất bởi một công ty chế biến thực phẩm thì theo quy định trên bao bì, sẽ phải ghi rõ các phụ gia sử dụng, trong đó có các phẩm màu. Ký hiệu E với ba con số từ 100 đến 199, là ký hiệu của những chất màu thực phẩm được phép sử dụng.

Nếu là các sản phẩm truyền thống như nem chua, các loại bánh như bánh cốm, vịt quay… không có bao bì hoặc trên bao bì không ghi rõ thành phần và các chất phụ gia thì chúng ta nên cẩn thận. Không nên chọn những sản phẩm có màu sặc sỡ, không được "bình thường". Chúng ta có thể so sánh những loại nguyên liệu như thế, nếu chế biến ở nhà thì sẽ có màu như thế nào, để biết màu sắc của chúng khi mua ở ngoài như vậy có "bình thường" hay không. Các bà nội trợ cần tập thói quen nhận xét màu thức ăn được chế biến tại nhà, đồng thời tập thói quen đọc thông tin trên bao bì sản phẩm.

Khi chế biến thức ăn tại nhà, chúng ta có thể trích màu từ các nguyên liệu tự nhiên để tạo màu sắc cho thực phẩm mà không cần sử dụng phẩm màu.

Nên dùng các phương pháp truyền thống để trích màu tự nhiên từ các nguyên liệu có sẵn như khi cần màu vàng, màu đỏ có thể dùng củ nghệ, hạt điều màu, quả gấc hoặc ớt khô…, các loại sắc tố này tan được trong dầu nên có thể dùng nguyên liệu xào với dầu để trích màu. Nếu cần màu tan trong nước, chúng ta có thể dùng củ dền, tai giâm bụt, quả dâu tằm hoặc các loại quả có màu đỏ, màu vàng… Khi cần màu xanh có thể dùng lá dứa, lá rau bồ ngót… Khi cần màu tím có thể dùng lá cẩm...

Việc sử dụng màu tự nhiên không những tăng thêm màu sắc hấp dẫn cho món ăn mà còn đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm.