Theo đó, hoạt động liên kết đào tạo ĐH và sau ĐH trong nước liên tiếp có sai phạm, từ quá trình cấp phép, hợp đồng đào tạo, tuyển sinh cho đến tổ chức đánh giá kết quả học tập, đào tạo thạc sĩ ngoài trụ sở không theo quy định. Ngoài những vi phạm như liên kết đào tạo trong nước, hoạt động liên kết đào tạo với nước ngoài còn mắc sai phạm về việc liên kết với những đơn vị năng lực đào tạo thấp, tạo điều kiện cho các trường mở rộng quy mô đào tạo vượt quá năng lực thực tế.

Thủ tướng kết luận việc ĐH Quốc gia Hà Nội cho phép học viên cao học định hướng thực hành chỉ làm tiểu luận thay cho luận văn tốt nghiệp là chưa phù hợp quy định Luật giáo dục 2005 và quy định của Bộ GD-ĐT.

Thủ tướng khẳng định việc ĐH Quốc gia Hà Nội cho phép Trung tâm công nghệ đào tạo và hệ thống việc làm ETC được phép tổ chức phối hợp đào tạo trình độ ĐH, sau ĐH là chưa phù hợp. Việc bổ nhiệm giám đốc, phó giám đốc ETC cũng được cho là không đúng quy định. Riêng việc sử dụng kinh phí, quản lý tài chính và việc chuyển tiền của ETC cho ĐH Griggs (Hoa Kỳ) qua tài khoản ở Singapore được giao cho Ngân hàng Nhà nước tiếp tục kiểm tra làm rõ.

Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính kiểm tra việc sử dụng kinh phí liên quan đến số tiền 21,373 tỉ đồng. Bộ Tài chính cũng là đơn vị kiểm tra kết luận liên quan đến việc trích 0,15% kinh phí nêu trong thư điện tử. Việc sử dụng kinh phí và việc chuyển tiền của ETC cho ĐH Griggs nếu có yếu tố vụ lợi, tham nhũng sẽ phải xử lý nghiêm theo pháp luật.

Thủ tướng cũng giao Bộ GD-ĐT chỉ đạo, theo dõi việc kiểm điểm, xử lý thiếu sót, khuyết điểm của tập thể, cá nhân liên quan tại ĐH Quốc gia Hà Nội. Giám đốc ĐH Quốc gia Hà Nội có trách nhiệm nghiêm túc nhận rõ khuyết điểm trong liên doanh, liên kết đào tạo ĐH và sau ĐH.