Theo kết luận, Thanh tra Chính phủ xác định trách nhiệm thuộc giám đốc ĐHQG TP.HCM, chủ đầu tư các dự án thành phần và các phòng ban, cá nhân được giao nhiệm vụ cụ thể trong quá trình thực hiện nhiệm vụ quản lý thực hiện dự án và kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo ĐHQG TP.HCM rút kinh nghiệm, kiểm điểm trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân liên quan.

Kết thúc thanh tra việc thực hiện dự án này, Thanh tra Chính phủ xác định còn tồn tại nhiều vi phạm. Một số công trình đã hoàn thành nhưng không được trang bị thiết bị để đưa vào sử dụng làm giảm hiệu quả đầu tư. Dự án được lập từ năm 2001 với khái toán và một số nội dung dự án không phù hợp, mặc dù Thủ tướng chấp thuận lập dự án điều chỉnh nhưng ĐHQG TP.HCM chậm lập để trình Thủ tướng phê duyệt. Công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự án còn các vi phạm như chủ đầu tư một số dự án thành phần lựa chọn đơn vị tư vấn trước khi được phê duyệt; tên đơn vị lập dự án không đúng với đơn vị được phê duyệt... Cá biệt có dự án còn được ĐHQG TP.HCM phê duyệt dự án đầu tư trước khi có báo cáo dự án đầu tư do đơn vị tư vấn lập.

Việc xác định giá trị các gói thầu chưa chính xác, nghiệm thu khối lượng một số công tác theo dự toán trúng thầu, chưa căn cứ vào khối lượng thi công thực tế... Thanh tra Chính phủ phát hiện sai phạm trên 19,7 tỉ đồng và Kiểm toán Nhà nước đã phát hiện sai phạm hơn 4,3 tỉ đồng. Tại các địa phương như Dĩ An (Bình Dương), Thủ Đức (TP.HCM), việc quản lý đất đai chưa tốt dẫn đến tình trạng lấn chiếm đất công, đất dự án, tự ý sang nhượng đất...