Ngay sau đó, Viện KSND tối cao cũng yêu cầu viện KSND bảy địa phương này thực hiện kiểm sát điều tra khi cơ quan an ninh điều tra khởi tố.

Cụ thể, vụ cố ý làm trái các quy định trong đầu tư quản lý tài chính dẫn tới lãng phí trong sử dụng gần 1.000 tỉ đồng vốn tại hai dự án Nhà máy đóng tàu Bến Thủy được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an tỉnh Hà Tĩnh. Tại Nhà máy đóng tàu Bến Thủy, chủ tịch HĐQT tập đoàn là ông Phạm Thanh Bình phê duyệt đầu tư xây dựng hai dự án trị giá trên 924 tỉ đồng. Thực chất đây là một công trình xây dựng được ông Phạm Thanh Bình chia thành hai dự án để chuyển từ nhóm A xuống nhóm B nhằm thay đổi trình tự thủ tục và thẩm quyền phê duyệt. Quá trình thực hiện có sự thay đổi khối lượng, thiết kế, dự toán... một cách tùy tiện dẫn đến nhiều hạng mục hoàn thành sử dụng không đạt hiệu quả hoặc đang dừng thi công.

Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, chỉ trong năm 2009 Vinashin thâm hụt gần 5.000 tỉ đồng vốn của Nhà nước, nguy cơ lỗ thêm khoảng 8.500 tỉ đồng, nợ phải trả khi bị thanh tra lên tới trên trên 86.000 tỉ đồng... Kết thúc điều tra vụ án “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Vinashin, Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố chín bị can, xác định thiệt hại về tài chính lên đến gần 907 tỉ đồng.

Vụ thiếu trách nhiệm, cố ý làm trái trong dự án Nhà máy đóng tàu Dung Quất giai đoạn 1 gây thiệt hại 59 tỉ đồng tiền thuế nộp thay cho nhà thầu nước ngoài; thiệt hại do không phạt nhà thầu khi nhà thầu vi phạm hợp đồng được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an tỉnh Quảng Ngãi.

Vụ làm trái quy định của Nhà nước trong quản lý vốn đầu tư xây dựng, quản lý tài chính, bố trí nhân sự gây thất thoát, lãng phí tại dự án Khu công nghiệp tàu thủy Lai Vu được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an tỉnh Hải Dương. Trong vụ này, Thanh tra Chính phủ đã kết luận dự án Khu công nghiệp tàu thủy Lai Vu được lập và phê duyệt dự án nhưng không xác định rõ nguồn vốn, khả năng tài chính... dẫn đến điều chỉnh tổng mức đầu tư nhiều lần lên hơn 688 tỉ đồng. Dự án được chỉ định thầu, không tuân thủ quy định lựa chọn thầu, thực hiện hợp đồng. Đến nay, hầu hết các gói thầu đã triển khai thi công xây dựng, chưa có gói thầu nào hoàn thành được nghiệm thu bàn giao nhưng dự án đã giải ngân hơn 600 tỉ đồng. Trong dự án này, ông Nguyễn Hữu Ngọc, trưởng ban kế hoạch đầu tư của tập đoàn, làm trưởng ban quản lý dự án đưa con trai, con gái, con rể, họ hàng bà con thân thiết vào nắm các chức vụ trong ban quản lý dự án và Công ty Lai Vu. Từ việc làm trái nguyên tắc này dẫn đến có dấu hiệu chia chác thầu cho doanh nghiệp là người nhà ông Ngọc làm sân sau dự án.

Vụ đầu tư xây dựng, sử dụng vốn vay 300 tỉ của tập đoàn sai mục đích, dẫn đến nợ quá hạn, có khả năng mất vốn liên quan đến ông Nguyễn Tuấn Dương (nguyên chủ tịch HĐQT Công ty CP đầu tư Cửu Long, bị can trong vụ án Vinashin giai đoạn 1) được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an Hải Phòng.

Vụ cố ý làm trái, thiếu trách nhiệm trong quản lý tài chính, tổ chức doanh nghiệp của các ông Ngô Tùng Lâm (nguyên chủ tịch HĐQT Công ty CP công nghiệp tàu thủy Hoàng Anh), Lưu Văn Hợp (ủy viên HĐQT Công ty Hoàng Anh, trưởng ban kiểm soát Vinashin), Nguyễn Văn Tuyên (nguyên tổng giám đốc Công ty Hoàng Anh, bị can trong vụ án Vinashin giai đoạn 1) được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an tỉnh Nam Định.

Vụ thiếu trách nhiệm, làm trái chỉ đạo của Thủ tướng trong việc tiếp nhận Công ty Vật tư tổng hợp Yên Bái được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an tỉnh Yên Bái.

Vụ sai phạm trong đầu tư gây thiệt hại nghiêm trọng tại Công ty TNHH MTV công nghiệp tàu thủy Cái Lân được chuyển đến Cơ quan an ninh điều tra Công an tỉnh Quảng Ninh. Sai phạm này gồm dự án san lấp giai đoạn 1 Khu kinh tế Hải Hà; dự án đóng mới tàu khách 200 chỗ; việc gây thiệt hại gần 4,4 tỉ đồng tiền đặt cọc mua ôtô san lấp; việc cho Công ty cổ phần Cửu Long vay 13 tỉ đồng dẫn đến khả năng mất vốn...