Theo quyết định, ông Phúc thiếu trách nhiệm trong việc tham mưu cho UBND tỉnh Phú Yên ký quyết định thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Công ty TNHH Sơn Dũng Bảo (xây dựng khu du lịch sinh thái Bãi Môn - Mũi Điện thuộc xã Hòa Xuân Nam, huyện Đông Hòa) và Công ty TNHH R&F (xây dựng khu du lịch sinh thái Bãi Ôm thuộc xã Xuân Phương, thị xã Sông Cầu) có nhiều sai phạm; cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và ký hợp đồng cho thuê đất đối với Công ty TNHH R&F quá hạn cho phép 20 tháng, không đúng vị trí, vượt diện tích theo thông báo thỏa thuận địa điểm của UBND tỉnh hơn 3,4ha.

Từ năm 2007-2009, với trách nhiệm phó ban quản lý kiêm giám đốc chương trình hợp tác VN - Thụy Điển về tăng cường năng lực quản lý đất đai môi trường (chương trình SEMLA) tại Phú Yên, ông Phúc đã để cán bộ cấp dưới lập chứng từ khống, nâng khống chứng từ thanh toán rút hàng trăm triệu đồng từ vốn dự án SEMLA; trong đó ông Nguyễn Kim Phúc cùng bà Trần Thị Na (nguyên phó phòng nghiệp vụ quản lý đất đai Sở Tài nguyên - môi trường, trưởng nhóm đất đai thuộc dự án SEMLA) lập khống và mua hóa đơn làm chứng từ thanh toán rút hàng chục triệu đồng của dự án để sử dụng cá nhân. Ông Phúc còn có nhiều hành vi làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây lãng phí lớn tiền của dự án SEMLA.

Trước đó, ông Nguyễn Kim Phúc đã bị khai trừ Đảng. Hồ sơ vụ sai phạm trong dự án SEMLA tại Phú Yên cũng được chuyển sang cơ quan công an để điều tra, xử lý.