Bùn thải này đã ảnh hưởng đến môi trường xung quanh, gây ô nhiễm không khí và nhất là thẩm thấu làm ô nhiễm ngưồn nuớc ngầm, nước mặt dẫn đến chất luợng nguồn nuớc bị suy giãm .

TP.HCM có hệ thống kênh rạch chằng chịt dài trên 1000 km thuộc các lưu vực chính là:Tân Hóa-Lò Gốm, Tham luơng- Vàm Thuật, Nhiêu Lộc-Thị Nghè, Kinh Đôi-Kinh Tẻ. Nhiều năm qua Thành Phố đã giải tỏa trên 15.000 hộ dân sống trên các kênh rạch nội thành và gần 2000 cơ sở sản xuất gây ô nhiễm môi trường ( trong đó nhiều cơ sở xả chất thải xuống kênh rạch).

Nhưng hiện nay mỗi ngày TP vẫn phải tiếp nhận khoảng 1 triệu m3 nuớc thải sinh họat , gần 400.000 m3 nước thải công nghiệp, 4000-5000 tấn rác thải sinh họat...thải trực tiếp xuống kênh rạch. Do vậy phần lớn các kênh rạch của Thành phố đều bị bùn lắng rât nhanh và ô nhiễm nghiêm trọng, hầu hết đều có màu đen và hôi thối, gấy ảnh hưởng đến cuộc sống và môi trường.

Bên cạnh đó, theo ban quản lý Bãi rác Đông Thạnh, nơi được chỉ định tiếp nhận bùn hầm cầu, mỗi ngày nơi đây chỉ tiếp nhận được chừng khóăng 180 m³ bùn hầm cầu của Thành phố, còn thấp xa so với số luợng bùn hầm cầu thải ra mỗi ngày. Một luợng rất lớn bùn hầm cầu đã bị các đơn vị thu gom của nhiều quận huyện thải không đúng nơi quy định, làm tăng ô nhiễm môi trường.

Để cải thiện môi trường nước các kênh rạch, TP.HCM đã tiến hành di dời hàng chục ngàn hộ dân , xây dựng các công trình cơ sở hạ tầng quan trọng và chỉnh trang đô thị như: công trình đại lộ Đông -tây giải tỏa hàng ngàn hộ dân dọc kênh đôi-kinh tẻ, chỉnh trang đô thị dọc kênh NHiêu Lộc-Thị Nghè cũng di dời gần 10.000 hộ dân sống ven kênh, di dời gần 600 cơ sở sản xúât gây ô nhiễm, trực tiếp xã nước thải xuống kênh rạch... ra ngoại thành.

Trên 1000 cơ sở sản xuất khác đã khắc phục , trang bị máy móc, thiết bị sản xuất mới không gây ô nhiễm môi trường hoặc tự chuyển nghề, giải thể.... Mặt khác Thành phố cũng đã tiến hành nạo vét nhiều kênh rạch như: nạo vét trên 10km kênh Tham Lương, nạo vét kênh Lò Gốm, kênh Tẻ...và công ty thoát nuớc đô thị TP.HCM cũng đã huy động lực luợng công nhân thường xuyên tiến hành nạo vét bùn ở các hệ thống tiêu thóat nước của Thành phố với khối luợng bùn thải lên đến hàng trăm tấn/ngày.

Tuy nhiên, theo ông Nguyễn Trung Việt,Trưởng phòng quản lý chất thải rắn, Sở Tài nguyên-môi trường thì do công tác quản lý bùn thải là một trong những vấn đề mới nên dù đã quy hoạch 3 khu liên hợp xử lý, tái chế chất thải rắn, trong đó có khu xử lý chất thải Tây Bắc Củ Chi có diện tích lên đến 880 ha và khu xử lý chất thải rắn Đa Phước đều không có khu xử lý bùn thải..

Thành phố hiện chỉ có 2 bãi đổ bùn thải tạm thời là Vuờn lan( quận Tân Bình) và Phạm Văn Hai( huyện Bình Chánh) nên chưa thể đáp ứng nhu cầu.Hầu như tất cả bùn thải hiện chỉ được thu gom một phần nhưng cũng chưa hề được xử lý, tái chế, gây ô nhiễm môi trường và lãng phí tài nguyên do trong bùn thải có hàm luợng dinh dưỡng cao có thể tận dụng cho mục đích nông nghiệp.