Ngoài 6 con đập đã được hoàn thành ở thượng nguồn phía Trung Quốc và một chuỗi các đập khác đã được lên kế hoạch, ở hạ nguồn 11 đập thủy điện đã được đưa vào kế hoạch xây dựng tại Lào và Campuchia.

Báo cáo môi trường chiến lược về thủy điện dòng chính Mê Kông (ICEM 2010) cho thấy, các con đập được đề xuất xây dựng ở hạ nguồn sẽ gây ra hàng loạt tác động tiêu cực cho toàn lưu vực.

Nếu đập được xây dựng, dòng chảy và bản chất tự nhiên của dòng sông sẽ vĩnh viễn thay đổi, ảnh hưởng tới chất lượng và lưu lượng nước, suy giảm lượng phù sa màu mỡ.

Điều này sẽ gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngành thủy sản và nông nghiệp, ảnh hưởng sâu rộng tới đời sống và sinh kế của người dân sống ven sông và an ninh lương thực. Hệ thống đập cũng đe dọa hệ sinh thái thủy sinh và ven bờ.

Các chuyên gia và nhà quản lý cho rằng nên dừng việc xây dựng các con đập đến khi có các nghiên cứu sâu hơn trên dòng chính sông Mê Kông, vì sẽ có tác động to lớn đến khu vực hạ nguồn của Campuchia và Việt Nam, đặc biệt là đối với nguồn lợi thủy sản.

Bởi lẽ theo cảnh báo của nhiều nghiên cứu, các con đập sẽ chặn đứng dòng di cư duy nhất của cá vào mùa khô.

Bên cạnh đó, đập sẽ làm đảo lộn “tín hiệu dòng sông” ở vùng hạ lưu sông Mê Kông và Đồng bằng sông Cửu Long do tác động tích nước và xả nước khiến các mùa chuyển tiếp bị rút ngắn hoặc biến mất, mùa khô sẽ chuyển sang mùa nước và ngược lại.

Đập còn ngăn lượng phù sa chuyển từ thượng nguồn xuống, ảnh hưởng tới toàn bộ hệ sinh thái thủy sinh và năng suất thủy sản.

Đối với hệ thủy sản biển ở Đồng bằng sông Cửu Long, việc ngăn giữ phù sa nơi thượng nguồn sẽ ảnh hưởng lớn đến ngành thủy sản nuôi ở Việt Nam vì mất nguồn protein từ cá tạp biển làm thức ăn cho cá nuôi.