Hiện 2 loài dơi này hiện chỉ còn duy nhất tại khu vực chùa Dơi, thị xã Sóc Trăng. Dơi ngựa Thái Lan chỉ còn khoảng 1.500 đến 2.000 cá thể, dơi ngựa lớn chỉ còn khoảng trên dưới 20 cá thể.

Vào năm 2004, ở Sóc Trăng vẫn còn ghi nhận được sự xuất hiện của loài dơi thuộc giống dơi ngựa quanh khu vực chùa Lịch Hội Thượng (Long Phú) và rừng phòng hộ thuộc Nông trường 30/4 (huyện Cù Lao Dung), nhưng đến đợt khảo sát này thì đã không ghi nhận được bất kỳ sự xuất hiện của cá thể nào ở những khu vực này.

Theo nhận định của đoàn khảo sát, nguy cơ đang đe dọa trực tiếp cho các loài dơi thuộc giống dơi ngựa là bẫy bắt dơi bằng lưới của cư dân địa phương. Nhiều người dân đã bẫy bắt với số lượng lớn loài dơi ngựa lớn. Việc săn lùng, bẫy bắt dơi của cư dân cũng khiến loài dơi này bỏ nơi cư trú để tìm đến những nơi khác thích hợp hơn.

Dơi ngựa ở chùa Dơi (Sóc Trăng) được nhiều người biết đến và chùa Dơi đã trở thành điểm du lịch không thể thiếu của du khách khi đến Sóc Trăng.

Những năm gần đây, việc săn bắt dơi bán cho nhà hàng đặc sản ở khu vực này đã trở nên không thể ngăn chặn nổi, dù chính quyền địa phương đã mạnh tay phạt nặng với những người vi phạm. Giá 1 con dơi ngựa loại nhỏ (khoảng 0,5 kg) là 120.000 đến 150.000 đồng, dơi loại lớn khoảng 1 kg giá từ 250.000 đến 300.000 đồng/con. Mức giá hấp dẫn này đã khiến nhiều người dân bất chấp lệnh cấm, tìm mọi cách săn bắt dơi ngựa lớn.