Ngoài được dùng để chế biến các món ăn, nhiều bộ phận của cây có thể ứng dụng làm thuốc.

Chùm ngây có thể mọc cao tới 5 - 6m, rất dễ trồng, dễ sống, chịu hạn giỏi, không kén đất, ít tốn phân. Trồng khoảng 4 - 5 tháng có thể hái lá, sau 8 tháng cây bắt đầu cho hoa. Hoa chùm ngây màu trắng, có hương thơm. Quả dài 25-30cm và có hình dáng giống với quả đậu cô ve. Cây có thể nhân giống bằng gieo hạt hoặc giâm cành.

Theo các nghiên cứu thì lá cây chùm ngây được đánh giá là loại rau sạch, bởi vì lá cây không có độc tố và không bị nhiễm thuốc trừ sâu. Ngoài ra trong lá còn chứa rất nhiều sinh tố và khoáng chất: vitamin C nhiều hơn trái cam 7 lần; canxi nhiều hơn 4 lần và protein gấp 2 lần so với sữa; vitamin A gấp 4 lần so với cà rốt; kali gấp 3 lần chuối.

Chùm ngây còn được xem như loại rau có giá trị dinh dưỡng cao: 100g lá non chùm ngây có 6,35g protein (chất đạm); 1,7g lipit (chất béo); 8g gluxit (tinh bột); 3,75g chất khoáng, trong đó phospho 50 mg; kali 216 mg; canxi 123 mg; đồng, sắt, caroten... và nhiều hợp chất tự nhiên quý có tác dụng chữa bệnh.

Thân, cành và vỏ rễ của cây chùm ngây còn chứa alcaloid, là chất moringin được ứng dụng chữa chứng đau nhức và chống viêm. Trong hạt chùm ngây có chứa các acid béo không no.

Hoa chùm ngây có nhiều mật ngọt và giàu dinh dưỡng, làm rau hoặc phơi khô dùng nấu lấy nước uống như một loại trà. Trái non được dùng xào, nấu canh, hầm xương, ninh súp như đậu cô ve và cho hương vị gần tương tự măng tây. Khi già, hạt chùm ngây có thể rang ăn như đậu phộng. Rễ non của cây ăn sống hoặc làm gia vị, có mùi hăng nồng của mù tạt.

Tuy nhiên, phần giàu dinh dưỡng nhất vẫn là lá. Lá chùm ngây có vị hơi đắng, tính mát, tác dụng giải nhiệt, tiêu độc, nhuận trường và bổ dưỡng. Ngày dùng từ 100 - 150g dạng tươi như rau ăn và 30-50g dạng khô, rất tốt cho sức khỏe mà còn có thể giúp giảm mỡ trong máu, giảm cholesterol, ổn định huyết áp, bảo vệ gan, giảm suy nhược cơ thể…

Đề phòng thiếu sinh tố và khoáng chất: mỗi ngày dùng 100g lá chùm ngây non rửa sạch, giã nát, thêm 300 ml nước sạch, vắt lấy nước cốt (hoặc xay sinh tố) thêm 2 muỗng canh mật ong, trộn đều. Chia uống 3 lần mỗi ngày.

Trong y học cổ truyền còn sử dụng các bộ phận (lá, hoa, quả, vỏ rễ) như một dược liệu để hỗ trợ chữa bệnh. Lá dùng làm rau ăn có tác dụng kích thích tiêu hóa và lợi tiểu. Vỏ rễ là một bộ phận được sử dụng nhiều làm thuốc chữa thấp khớp mãn tính, đau thần kinh ngoại biên và các chứng đau do co thắt.

Hoa có tác dụng chữa ho và quả dùng hỗ trợ điều trị bệnh về gan. Gôm nhựa dùng làm thuốc dùng bôi ngoài trị hói tóc, trị viêm nhiễm ngoài da. Dầu từ hạt dùng để đắp ngoài để trị phong thấp. Liều dùng trung bình ở người lớn khoảng từ 50 - 100g mỗi ngày dưới dạng sắc uống.

Chữa bệnh từ cây chùm ngây:

- Chữa cảm sốt, tiểu ít vàng, khát nước, táo bón: vỏ cây chùm ngây 12g, rau má 20g, củ sắn dây 20g. Cho 600ml nước, sắc còn 300ml. Chia làm 3 lần uống trong ngày.

- Chữa ho viêm họng: dùng hoa chùm ngây 30g, rửa sạch, thái nhỏ, trộn với mật ong, xào chín, ăn ngày 2 – 3 lần, hoặc dùng hoa chùm ngây, hoa sứ và hoa của cây nghệ, mỗi thứ 12g, sắc uống liên tục vài ngày.

- Trị u xơ tiền liệt tuyến: rễ chùm ngây tươi 100g, kết hợp với lá trinh nữ hoàng cung tươi 80g (hoặc rễ chùm ngây khô 30g, lá trinh nữ hoàng cung khô 20g). Nấu với 2 lít nước còn lại nửa lít. Uống 3 lần trong ngày, uống liên tục từ 1-2 tháng.

- Ngăn ngừa sỏi oxalate: mỗi ngày dùng 100g rễ chùm ngây tươi (hoặc 30g khô) rửa sạch, nấu với 1 lít nước, nấu sôi 15 phút, để uống cả ngày.

- Để phòng các bệnh hay gặp ở người lớn tuổi (thấp khớp, tăng huyết áp, tiểu đường, rối loạn mỡ máu): có thể sử dụng chùm ngây dưới dạng món ăn đơn giản như: nấu canh, xào… hoặc dùng dưới dạng trà, nước sinh tố uống hàng ngày để phòng bệnh.

Ngoài ra, chùm ngây còn có một số tác dụng bên ngoài như: xay nhuyễn đắp lên da mặt cải thiện làn da (mỗi lần không quá 10 phút), da sẽ trắng mịn giảm nhăn rõ rệt.

Dùng lá giã nát đắp lên vết thương bị sưng hoặc bị nhọt. Lá chùm ngây trộn với mật ong để đắp lên mắt (hoặc mụn nhọt) để làm giảm sưng đau. Dùng vỏ của rễ, sắc lấy nước ngậm trị đau nhức răng.

Hạt khô của cây chùm ngây có thể được ứng dụng để làm hoạt chất lọc nước hoặc ép lấy dầu. Chất dầu trong hạt có phẩm chất tốt, màu vàng tươi sáng với một hương vị dễ chịu được so sánh chất lượng với dầu oliver, để rất lâu không hỏng và được sử dụng làm dầu.

Tại các vùng ô nhiễm nơi nông thôn, hạt chùm ngây thường được nghiền nát hòa vào nước, để lắng, các chất cặn bẩn sẽ bị loại bỏ hoàn toàn. Nước sạch này còn được sát khuẩn do tác dụng của chất dầu cay trong hạt, nên có thể dùng ngay làm nước uống.

Lưu ý: Rễ cây chùm ngây sắc uống có thể gây nguy hiểm đến thai kỳ, gây sẩy thai. Phụ nữ có thai không nên dùng rễ cây này (theo kinh nghiệm của đồng bào dân tộc Raglay).