Thuốc trị cao huyết áp không những làm thay đổi chức năng cơ thể mà còn làm ảnh hưởng đến hệ thống thần kinh, các cơ quan nội tạng, nhất là thận. Tất cả cơ quan trong cơ thể chúng ta có mối quan hệ nội tại với nhau.

Cho dù một loại thuốc nhân danh tác động lên một cơ quan nào đó cũng có thể gây tác dụng phụ trên những cơ quan khác của cơ thể. Chẳng hạn một nhóm thuốc dùng phổ biến trong điều trị cao huyết áp là chẹn beta (beta blockers). Nhóm thuốc này làm giảm bớt khả năng đập nhanh của tim nên có tác dụng hạ huyết áp, tuy nhiên sử dụng lâu dài sẽ làm giảm năng lực hoạt động của bệnh nhân.

Một loại thuốc hạ huyết áp nữa là nhóm thuốc ức chế men chuyển hóa angiotensin (ACE inhibitor - Angiotensin converting enzyme inhibitor). Nhóm thuốc này làm giảm huyết áp bằng cách làm giảm sự hoạt động của một số chất hóa học trong máu vốn làm căng thành mạch máu. Một loại thuốc thuộc nhóm này là Lisinopril có tác dụng phụ gây kích động, ho, choáng váng, mệt mỏi, đôi khi gây tăng nhịp tim hoặc gây ra nhịp tim bất thường.

Thêm một nhóm thuốc khác trị cao huyết áp là nhóm thuốc ức chế kênh calcium. Loại thuốc này dùng để giảm nhịp tim, tuy nhiên cũng gây nhức đầu, buồn nôn, táo bón, giữ nước cơ thể.

Còn đối với nhóm chẹn alpha (alpha blockers) có thể gây nhức đầu, tim đập nhanh, làm tăng nồng độ cholesterol trong máu, nếu sử dụng lâu có thể gây suy tim. Một nhóm thuốc khác là thuốc giãn mạch (vasodilators) có tác dụng phụ gây sung huyết mũi, đau ngực, tim đập nhanh, sử dụng lâu ngày có thể gây tổn hại mô liên kết gây nên bệnh lupus.

Tóm lại, điều trị cao huyết áp là một công việc vô cùng khó khăn, muốn sử dụng thuốc một cách an toàn nên gặp bác sĩ thường xuyên để trao đổi về những tác dụng phụ có thể xảy ra.