Tuy nhiên hiện nay, nhiều loài cũng như toàn bộ hệ sinh thái Việt Nam đang phải đối mặt với các sức ép đe dọa sự tồn tại của chúng.

Một tỷ lệ lớn các loài động thực vật của Việt Nam đang bị đe dọa tuyệt chủng. Số loài và số lượng cá thể của các loài hoang dã bị suy giảm mạnh.

Theo Sách Đỏ Việt Nam năm 2007, có 882 loài thực vật, động vật hoang dã quý, hiếm, có giá trị kinh tế cao đang bị đe doạ ở các mức độ khác nhau.

Suy thoái đa dạng sinh học dẫn đến mất cân bằng sinh thái, ảnh hưởng trực tiếp đến môi trường sống của con người, đe dọa sự phát triển bền vững của đất nước.

Hai mối đe dọa trực tiếp và quan trọng đối với đa dạng sinh học ở Việt Nam là khai thác quá mức tài nguyên thiên nhiên, sự suy giảm và mất đi sinh cảnh sống.

Với sự phối hợp chặt chẽ giữa các nhà khoa học, nhà quản lý, trong những năm qua nước ta đã xây dựng và thành lập các vườn quốc gia, khu bảo tồn thiên nhiên, bảo tồn loài và sinh cảnh… nhằm mục đích bảo tồn đa dạng sinh học của Việt Nam.

Theo báo cáo của Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật (IEBR), cả nước hiện có 30 vườn quốc gia với số lượng tập trung ở các vùng trung du, miền núi phía Bắc; Đồng bằng Bắc Bộ; Bắc Trung Bộ; Nam Trung Bộ; Tây Nguyên; Đông Nam Bộ; Tây Nam Bộ.

Khu bảo tồn thiên nhiên có 65 khu, trong đó vùng trung du, miền núi phía Bắc có 27 khu; Đồng bằng Bắc Bộ 2; Bắc Trung Bộ 11; Nam Trung Bộ 10; Tây Nguyên 8 và Tây Nam Bộ 3. Riêng khu bảo tồn loài và sinh cảnh có 17 khu.

Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật đã công bố Sách Đỏ và Danh lục đỏ Việt Nam (2007) về động, thực vật với tổng số 855 loài, trong đó động vật 407 loài với 4 loài ở phân hạng tuyệt chủng (EX), 5 loài tuyệt chủng ngoài thiên nhiên (EW), 48 loài rất nguy cấp (CR), 112 loài nguy cấp (EN), 188 loài sẽ nguy cấp (VU), 16 loài ít nguy cấp (LR) và 34 loài thiếu dẫn liệu.

Về thực vật có 448 loài với 1 loài tuyệt chủng ngoài thiên nhiên (EW), 45 loài rất nguy cấp (CR), 189 loài nguy cấp (EN), 209 loài sẽ nguy cấp (VU) và 4 loài ít nguy cấp (LR), trong đó chủ yếu thực vật bậc cao.

Để thực hiện tốt công tác bảo tồn đa dạng sinh học trong thời gian tới, các chuyên gia thuộc Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật cho rằng cần tranh thủ sự quan tâm ủng hộ của các cấp chính quyền, sự phối kết hợp chặt chẽ với các lực lượng, ban, ngành, địa phương, có sự tham gia tích cực của cộng đồng dân cư.

Bên cạnh việc thực thi pháp luật, cần tăng cường công tác tuyên truyền giáo dục, nâng cao nhận thức và ý thức cho người dân, đồng thời tìm các sinh kế thay thế giúp cộng đồng dân cư phát triển kinh tế; tăng cường năng lực cho đội ngũ làm công tác bảo tồn, đồng thời hợp tác hiệu quả với các tổ chức trong nước và quốc tế trên nhiều lĩnh vực, đặc biệt là công tác bảo tồn.

Thực hiện các định hướng bảo vệ các hệ sinh thái; nghiên cứu dịch vụ hệ sinh thái; thực hiện chi trả dịch vụ môi trường do đa dạng sinh học mang lại; phát triển du lịch sinh thái.

Ngoài ra, cần bảo tồn tại chỗ, bảo tồn chuyển chỗ các loài động, thực vật; duy trì và phát triển nguồn gen; nhân nuôi bảo tồn những loài động thực vật quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng, những loài đặc hữu và những loài có giá trị kinh tế; xây dựng cơ sở dữ liệu cho việc quản lý, giám sát loài động thực vật quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng; công bố quốc tế, đào tạo nguồn nhân lực về lĩnh vực bảo tồn đa dạng sinh học.