Thứ nhất, đề thi cho kỳ thi chung đó được soạn thảo như thế nào? Từ năm học 2008-2009, học sinh học lớp 12 đã học theo chương trình phân ban mới của bậc THPT (gồm ba ban: ban KHTN, ban KHXH và ban cơ bản). Nếu ban nào thi đề của ban đó thì khi xét tuyển vào các trường ĐH-CĐ sẽ gặp rất nhiều khó khăn vì mức độ yêu cầu đề thi ở một số môn của ba ban chưa chắc tương đương với nhau.

Thực tế hiện nay có rất nhiều học sinh theo học ban cơ bản, ở ban này có các tiết tự chọn nhiều hơn ban KHTN và ban KHXH, các tiết này có thể được dạy để học chương trình nâng cao một số môn, mỗi học sinh ở ban cơ bản có thể chọn nâng cao các môn khác nhau. Như vậy, việc ra đề thi cho ban cơ bản như thế nào là phù hợp?

Để xét tuyển vào các trường ĐH-CĐ đơn giản hơn thì phải thi một đề chung cho cả ba ban, kèm theo một số lượng câu hỏi nâng cao thích hợp. Tuy nhiên, thi đề chung như thế thì nội dung thi nằm ở chương trình nào, thuận lợi nhất có lẽ phải nằm ở ban cơ bản, như vậy việc phân ban và học nâng cao phải được Bộ Giáo dục và đào tạo xem xét lại.

Thứ hai, đối với các học sinh tốt nghiệp THPT theo chương trình cải cách, nếu năm 2008 các em không đậu vào các trường ĐH-CĐ thì các năm sau việc thi tuyển sẽ như thế nào? Nếu tổ chức cho các em thi chung kỳ thi quốc gia với các em học sinh học chương trình phân ban với đề thi khác nhau thì việc soạn đề thi sao cho có mức độ tương đương là vấn đề cần được lưu ý. Việc tổ chức thi tuyển như thế sẽ tiến hành trong thời gian bao lâu cũng cần có thông báo rõ ràng cho học sinh và phụ huynh học sinh an tâm.

Thứ ba, đối với học sinh lớp 12 năm học 2007-2008 thi hỏng tốt nghiệp THPT, chúng ta giải quyết việc học tập cho các em ra sao? Trong khi đó, các trung tâm giáo dục thường xuyên cũng đã thực hiện chương trình theo ban cơ bản của chương trình phân ban nên không thể tiếp nhận các học sinh thi hỏng này. Phải chăng các em phải tự ôn tập để rồi tham dự kỳ thi quốc gia chung với các học sinh học theo chương trình phân ban, nhưng theo một đề thi riêng? Đây cũng là vấn đề cần quan tâm.

Với một chủ trương lớn về cải tổ thi cử, đề án cho một kỳ thi quốc gia cần được tính toán cụ thể, kỹ lưỡng và được phổ biến rộng rãi với đầy đủ chi tiết. Hiện tại, còn nhiều vấn đề mà các thầy cô giáo chưa thể trả lời thỏa đáng (hay không biết trả lời như thế nào) cho học sinh và phụ huynh học sinh về kỳ thi chung này.