Giả thuyết tổ lái bị khống chế bởi ai đó rồi buộc máy bay thay đổi hướng bay về phía Tây của hành trình, tức khu vực biển Ấn Độ Dương mà Mỹ đang tìm kiếm. Người khống chế tổ lái phải am hiểu tinh tường loại máy bay Boeing 777-200ER và có kiến thức siêu việt để tránh radar dân sự, lẫn quân sự theo dõi khi buộc máy bay bay theo hướng họ muốn.
Bản đồ tìm kiếm mới ở khu vực biển Andaman
Các kỹ sư hàng không Mỹ, cơ quan An toàn bay Liên bang Mỹ đều cho biết tất cả các thiết bị phát sóng, phát tín hiệu trên máy bay không chỉ tập trung trong buồn lái. Trên máy bay còn nhiều vị trí khác có thể tự động phát tín hiệu, truyền tải thông tin. Ví dụ động cơ Rolls Royce tự động truyền dữ liệu về nhà sản xuất mà không cần thiết bị điện tử trong buồn lái để điều khiển. Do đó, trên thực tế rất khó khăn để chiếc máy bay này hoàn toàn thoát khỏi sự giám sát nhiều phía từ mặt đất lẫn vệ tinh.
Các giả thiết máy bay bị sự cố bất ngờ rồi nổ tung, hỏng hai động cơ và phi công tự sát đều không có cơ sở. Hiện nay, các nhà điều tra đang tập trung vào khả năng máy bay bị đánh cướp và đã hạ cánh ở một nơi chưa được phát hiện. Nhưng hướng suy luận này cũng không chắc chắn vì Boeing 777-200 là loại máy bay lớn, bay đường dài, không dễ gì qua mắt các vệ tinh.
