Công văn nêu rõ: “Giải bóng đá vô địch quốc gia năm 2016 đã thi đấu được chín vòng, nhìn chung công tác tổ chức và điều hành có chuyển biến tích cực, các trận thi đấu đạt chất lượng chuyên môn, tính cạnh tranh cao, đã thu hút được đông đảo sự quan tâm, chú ý của người hâm mộ. Tuy nhiên, tại vòng 9 đã xuất hiện ba trận đấu liên quan đến công tác điều hành của đội ngũ trọng tài, tạo bức xúc cho người hâm mộ và dư luận không tốt, như trận đấu giữa CLB Long An gặp CLB Đồng Tháp, trận đấu giữa CLB Hà Nội T&T gặp đội CLB Hải Phòng và đặc biệt trận đấu giữa CLB FLC Thanh Hóa gặp CLB SL Nghệ An”. Tổng cục TDTT yêu cầu VFF chỉ đạo Công ty Cổ phần Bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam (VPF) và ban tổ chức giải nghiêm túc chấn chỉnh kịp thời công tác trọng tài, đảm bảo tính khách quan và chính xác của các trận đấu, đồng thời có biện pháp xử lý nghiêm khắc đối với các trọng tài có biểu hiện tiêu cực. Tổng cục TDTT cũng đề nghị ban tổ chức giải phối hợp với các địa phương, các cơ quan chức năng, các CLB thực hiện nghiêm túc các quy định Quy chế bóng đá chuyên nghiệp hiện hành; tăng cường kiểm tra giám sát công tác chuẩn bị trận đấu; có những phương án dự báo để nâng cao chất lượng chuyên môn, công tác an ninh, an toàn, y tế tại các sân trong các lượt trận tiếp theo.
Thời gian qua, Tổng cục TDTT gần như thả lỏng cho công tác điều hành ở VFF. Điển hình là việc vi phạm quy chế, vi phạm điều lệ ở VFF nhưng Tổng cục TDTT đã không tuýt còi. Ngoài ra, Tổng cục TDTT đưa người vào bộ máy VFF nhưng khi người của Tổng cục TDTT bị phản ánh về các việc làm sai trái thì Tổng cục lại không có những biện pháp cần thiết.
