Cụ thể, Bộ Tài chính yêu cầu cơ quan hải quan rà soát thông tin tờ khai nộp thừa tại đơn vị mình, có văn bản thông báo đến từng doanh nghiệp có số tiền thuế nộp thừa khâu nhập khẩu, hướng dẫn doanh nghiệp kiểm tra, rà soát các khoản thuế nộp thừa của các tờ khai. 

Nếu doanh nghiệp chưa thực hiện kê khai và khấu trừ tại cơ quan thuế nội địa thì có văn bản đề nghị cơ quan hải quan để được xem xét hoàn hoặc bù trừ theo quy định. Nếu đã kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan thuế thì doanh nghiệp có văn bản thông báo cho cơ quan hải quan để theo dõi.

Theo đó, căn cứ văn bản trả lời hoặc văn bản đề nghị của doanh nghiệp, cơ quan hải quan sẽ thực hiện hoàn, bù trừ theo quy định hoặc lập chứng từ ghi sổ hạch toán kết chuyển số dư như trên theo từng trường hợp cụ thể. Những trường hợp chưa có căn cứ để hoàn, bù trừ hoặc hạch toán kết chuyển được tiếp tục theo dõi trên sổ sách.

Được biết, hiện nay trên hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan có những khoản thuế giá trị gia tăng nộp thừa khâu nhập khẩu của các tờ khai trước năm 2014 (thời điểm cơ quan hải quan không có thẩm quyền hoàn thuế giá trị gia tăng, việc thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng do cơ quan thuế thực hiện) chờ thực hiện thủ tục ra quyết định hoàn cho người nộp thuế, nhưng người nộp thuế không có văn bản đề nghị hoàn, bù trừ theo quy định.