Theo HTX giao thông vận tải Trường Phát (chạy tuyến Cần Thơ - Châu Đốc), hiện xe của đơn vị này phải đóng 100% phí bến bãi cho bến xe Hùng Vương và 38% cho bến xe 91B (đều do Công ty cổ phần Bến xe tàu phà Cần Thơ quản lý, khai thác). Tổng số tiền mỗi lần xuất bến mà đơn vị phải nộp cho bến xe trên là 130.000 đồng, trong khi ở bến xe Châu Đốc chỉ nộp 42.000 đồng. Cùng hoạt động tuyến này, Công ty TNHH Kim Ngân cũng phản ảnh tình trạng trên và cho biết: “Công ty chúng tôi chỉ hoạt động một bến đến và đi, không nhất thiết phải ở hai đầu bến như hiện nay”...

Liên quan vụ việc này, Hiệp hội Vận tải ôtô An Giang đã có văn bản gửi giám đốc Sở Giao thông vận tải TP Cần Thơ đề nghị kiểm tra, làm sáng tỏ phản ảnh của các doanh nghiệp vận tải. Theo Hiệp hội Vận tải ôtô An Giang, việc thu phí này đã gây khó khăn cho các doanh nghiệp vận tải vốn đang hoạt động cầm chừng do hiệu quả kinh doanh thấp, thậm chí có doanh nghiệp đang bên bờ vực phá sản.

Theo Công ty cổ phần Bến xe tàu phà Cần Thơ, việc thu phí ở bến xe 91B là do đặc thù tại Cần Thơ có hai vị trí phục vụ (nhà xe phải lên tài, bán vé và xếp khách chính thức tại bến xe 91B và bổ sung tại bến xe Hùng Vương), nhằm đáp ứng tốt hơn nhu cầu đi lại của hành khách tại hai bến. Việc này các doanh nghiệp vận tải đã thống nhất khi ký hợp đồng với công ty. Công ty cũng cho rằng hằng năm phải đầu tư xây dựng, sửa chữa và nộp tiền thuê đất ở bến xe 91B rất lớn nên doanh nghiệp vận tải cần có sự chia sẻ, hợp tác. Còn việc doanh nghiệp vận tải cho rằng đã thay xe 16 chỗ nhưng vẫn bị thu phí xe 29 chỗ, công ty cho biết do quá trình thay xe doanh nghiệp vận tải đã không gửi văn bản trực tiếp cho đơn vị này để phối hợp thực hiện.