Trước đó, Hội đồng nghiệm thu nhà nước đã tổ chức cuộc họp đánh giá thiết kế gói thầu số 1, 2 và 5 với sự tham dự của nhiều đơn vị liên quan và đã có nhiều lưu ý về thiết kế như sau:

* Gói thầu số 1 (CP1) - Tuyến, đoạn trên cao: việc thiết kế tuyến đi nổi trên cao từ Nhổn đến khách sạn Daewoo (dài 8,5km) không những không giải quyết được ách tắc giao thông mà còn ảnh hưởng đến sự phát triển bền vững lâu dài của thủ đô. Các tuyến metro phải được ngầm hóa tối đa vừa giải phóng được giao thông trên mặt đất, vừa không phá vỡ không gian đô thị, vừa đảm bảo môi trường cảnh quan và tiện lợi cho sử dụng.

Việc sử dụng tải trọng đoàn tàu cụ thể để tính toán thiết kế có thể không lường hết tất cả tình huống khi đưa vào sử dụng thực tế. Đề nghị chủ đầu tư làm rõ việc sử dụng đoàn tàu tiêu chuẩn có tính đến việc phát triển hoạt tải trong tương lai để tính toán công trình... Hà Nội trong vùng động đất cấp VII, việc thiết kế kết cấu thân trụ đặc dạng chữ T sẽ rất bất lợi khi xảy ra động đất... Cần nghiên cứu bổ sung cấu tạo thân trụ để đảm bảo an toàn.

* Gói thầu số 2 (CP2) - Các nhà ga trên cao: Các ga S6 (ga Đại học Quốc gia Hà Nội) và S7 (chùa Hà) bố trí trên khu vực đường phố hẹp, kết nối nhà ga với giao thông đô thị hiện có quá chật hẹp (gây rối loạn giao thông) nên cần được xem xét mở rộng. Nên đi ngầm từ ga S5 (trên đường Hồ Tùng Mậu), không vượt đường vành đai 3 như thiết kế hiện nay nhằm tránh ảnh hưởng lớn đến quy hoạch phát triển Hà Nội.

Thiết kế cũng chưa đề cập nội dung ga kết nối, cụ thể như tại vị trí ga số 1 chưa thể hiện kết cấu chờ để có thể mở rộng tuyến về phía Sơn Tây trong tương lai. Tương tự, tại ga số 7 (chùa Hà) nơi giao với tuyến đường sắt đô thị số 4 (quy hoạch) cũng chưa có kết cấu chờ kết nối; việc người đi bộ muốn sang đường phải đi qua tầng trung chuyển của nhà ga sẽ không hợp lý. Các nhà ga thiết kế mái hình cánh chim, cao vểnh lên... chưa phù hợp với khí hậu Hà Nội, khiến hành khách chờ tàu sẽ chịu nắng mưa, gió rét...

* Gói thầu số 5 (CP5) - Công trình kiến trúc depot: Cần lưu ý giải pháp thoát nước mái do sàn mái lớn; nên tổ chức thu nước và phân chia mái theo các ô nhỏ để tránh tạo ra các ứng suất do nhiệt; xưởng bảo dưỡng, sửa chữa... sử dụng điều hòa hai chiều là không cần thiết...