Sau vụ việc Sở Y tế TP.HCM phát hiện nước tương có chứa hàm lượng 3-MCPD vượt mức quy định nhưng chậm công bố, ngày 16-8-2007, chủ tịch UBND TP.HCM đã có quyết định số 3726 kỷ luật “cách chức” đối với ông Nguyễn Đức An. Không đồng tình với quyết định này, ngày 12-9-2007 ông An có đơn khiếu nại và ngày 1-9-2008, UBND TP bác đơn khiếu nại của ông An, vẫn giữ nguyên hình thức kỷ luật “cách chức”.

Ngày 18-9-2008, ông An có đơn khiếu nại lần hai gửi bộ trưởng Bộ Nội vụ. Sau khi tiến hành kiểm tra, xác minh các nội dung khiếu nại, ngày 26-12-2008, Bộ Nội vụ có kết luận: UBND TP kết luận ông An vi phạm trong việc không lập báo cáo kết quả thanh tra sau khi đã kết thúc cuộc thanh tra theo quy định của Luật thanh tra là phù hợp.

Tuy nhiên, về trình tự thủ tục, trong quá trình xem xét xử lý kỷ luật ông An, cơ quan chức năng đã không thành lập hội đồng kỷ luật là không thực hiện đúng quy định.Việc kết luận ông An đã có khuyết điểm vì không đề xuất biện pháp xử lý triệt để đối với nước tương có hàm lượng chất 3-MCPD vượt quá quy định là chưa đủ cơ sở.

Được biết, liên quan trong vụ nước tương “đen”, ông Nguyễn Thế Dũng - nguyên giám đốc Sở Y tế - đã bị điều chuyển công tác nơi khác, ông Lê Trường Giang - phó giám đốc sở - bị “khiển trách”.