Lượng chất thải y tế nguy hại phát sinh khoảng 873kg/ngày (trong tổng số 9 tấn chất thải rắn y tế), chủ yếu xử lý bằng lò đốt. Cần Thơ hiện có tám bệnh viện trang bị lò đốt, chất thải rắn nguy hại được đốt hoặc hợp đồng với đơn vị xử lý, hoặc chôn lấp tại chỗ.

Tuy nhiên, các lò đốt rác đều chưa được nghiệm thu về tiêu chuẩn khí thải, việc xử lý rác chưa đạt về điều kiện nhiệt độ phân hủy, do vậy lượng khí thải từ một số bệnh viện không đạt tiêu chuẩn khí thải gây ô nhiễm môi trường.

Đối với chất thải lỏng, TP có sáu bệnh viện có đông giường bệnh bị liệt vào danh sách “đen” gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng do hệ thống xử lý chất thải không có, hư hỏng hoặc quá tải. Đó là các bệnh viện Đa khoa Cần Thơ, Ung bướu, Nhi Đồng, Y học cổ truyền, Lao và bệnh phổi, Bệnh viện quận Ô Môn.

Hiện nay TP đang gấp rút hoàn thành đề án để đưa các bệnh viện này vào xin vay vốn từ Ngân hàng Thế giới (do Bộ Y tế chủ trì) về quản lý chất thải bệnh viện. Theo đó, Cần Thơ đề xuất vay khoảng 670 tỉ đồng (tương đương 32 triệu USD) xây dựng hệ thống đốt rác tập trung (chất thải rắn thông thường và y tế) cho cả TP và đầu tư xây dựng hệ thống xử lý chất thải lỏng cho sáu bệnh viện. Dự kiến dự án đến cuối tháng 5-2013 phải hoàn thành để Bộ Y tế và Ngân hàng Thế giới phê duyệt cho vay.